Os arqueólogos acreditam que a espécie sobreviveu em Flores pelo menos até 12.000 anos atrás. Isto faz dela a espécie humana não-moderna mais duradoura. Também viveu mais tempo do que os Neandertais (H. neanderthalensis), que se extinguiram há cerca de 24.000 anos.
Por causa de um estreito vizinho profundo, Flores permaneceu isolada durante a última era glacial. Por causa disso, os descobridores de H. floresiensis pensam que a espécie, ou seus ancestrais, devem ter chegado à ilha isolada por transporte de água há cerca de 100.000 anos (ou, se são H. erectus, então há cerca de 1 milhão de anos).
A geologia local sugere que uma erupção vulcânica em Flores há aproximadamente 12.000 anos foi responsável pelo fim de H. floresiensis e dos animais que viviam na ilha. O elefante Stegodon também se extinguiu nesta época.
Histórias de sobrevivência posterior
Há histórias locais de que uma pequena raça de pessoas vivia na ilha. Os Ebu Gogo eram pequenos, cabeludos, habitantes de cavernas com pouca língua. Diz-se que eles estavam lá na época da chegada dos primeiros navios portugueses durante o século XVI. Estas criaturas são afirmadas como tendo existido tão recentemente quanto no final do século XIX. Gerd van den Bergh, um paleontólogo que trabalha com os fósseis, relatou ter ouvido falar do Ebu Gogo dez anos antes da descoberta dos fósseis. Na ilha vizinha de Sumatra, há relatos de um humanóide de 1-1,5m de altura, o Orang Pendek, que pode estar relacionado a H. floresiensis.