Publicação privada
O livro manuscrito de Potter tinha o título de The Tale of Peter Rabbit e Mr. McGregor's Garden. O manuscrito foi recusado por seis editoras. Até Frederick Warne & Co. se recusou a imprimi-lo, apesar de ter demonstrado interesse em sua obra de arte há vários anos. Alguns editores queriam uma história mais curta. Outros queriam uma mais longa. Quase todas as editoras queriam que as fotos fossem coloridas. Potter ficou frustrada porque seu livro continuava a ser recusado. Ela já havia planejado como seu livro deveria ser. Ela queria que o estilo e o tamanho de seu livro fossem como o Little Black Sambo. Ela também já havia pensado em quanto ele deveria custar.
Por fim, ela mesma decidiu publicar o livro. Em 16 de dezembro de 1901, os primeiros 460 exemplares de sua publicação privada The Tale of Peter Rabbit foram entregues a sua família e amigos.
Primeira edição comercial
Em 1901, um amigo da família de Potter, o Cônego Hardwicke Rawnsley, transformou a história de Potter em um poema e tentou dar sua versão, juntamente com suas ilustrações e alguns de seus escritos corrigidos, a Frederick Warne & Co. A empresa recusou a versão de Rawnsley, mas eles queriam ver o manuscrito completo de Potter. Eles esperavam que The Tale of Peter Rabbit fosse tão bem sucedido quanto os livros de Helen Bannerman Little Black Sambo e outros livros infantis que estavam sendo vendidos naquela época. Quando Warne perguntou por que não havia cores nas ilustrações, porém, Potter respondeu que as cores marrom-castanho-coelho e verde não eram interessantes. Warne disse que não iria publicar o livro, mas que poderia publicar outros livros que ela escreveu mais tarde.
Warne queria ilustrações coloridas em The Tale of Peter Rabbit, que ele chamou de "livro do coelhinho". Ele também sugeriu que eles usassem apenas 32 ilustrações em vez das primeiras 42 ilustrações. No início, Potter não queria colorir suas ilustrações, mas ela percebeu que não colorir suas ilustrações seria uma má idéia. Ela enviou a Warne algumas novas ilustrações coloridas com uma cópia de sua edição impressa privada. Warne então deu a estes dois o famoso ilustrador, L. Leslie Brooke, para ver o que ele pensava sobre as ilustrações. Brooke ficou encantada com o trabalho de Potter. Ao mesmo tempo, os pequenos livros ilustrados se tornaram muito populares.
Potter continuou mostrando cópias impressas em privado para sua família e amigos. Logo a primeira impressão privada de 250 cópias foi esgotada, e outras 200 tiveram que ser preparadas. Ela observou em uma cópia que seu coelho de estimação Peter havia morrido em 26 de janeiro de 1901. Ele tinha nove anos de idade.
Potter e Warne concordaram em publicar 5.000 cópias baratas. No ano seguinte, um contrato oficial foi assinado em junho de 1902. Potter trabalhou duro no processo de publicação da história - ela fez seus desenhos novamente quando precisou, fez pequenas mudanças na escrita e corrigiu a pontuação. Mesmo antes de ser publicado no início de outubro de 1902, os primeiros 8.000 exemplares foram vendidos. No final do ano, havia 28.000 exemplares impressos. Em meados de 1903, houve uma quinta impressão e, no mesmo mês, houve uma sexta impressão. Um ano após a primeira publicação comercial, havia 56.470 exemplares impressos.
Direitos autorais americanos
O escritório de Warne em Nova York não registrou os direitos autorais de The Tale of Peter Rabbit nos Estados Unidos. Devido a isso, cópias não licenciadas do livro começaram a aparecer na primavera de 1903. Nada poderia impedir a impressão de cópias não licenciadas.
Isto fez com que Potter perdesse muito dinheiro. Ela começou a perceber plenamente a necessidade de licenciar seus livros adequadamente quando, depois de ter publicado com sucesso The Tale of Squirrel Nutkin, seu pai encontrou um esquilo de brinquedo chamado Nutkin no Burlington Arcade, no Natal de 1903.