Charles Darwin (1809-1882) foi o primeiro a produzir uma árvore evolucionária da vida. Ele era muito cauteloso sobre a possibilidade de reconstruir a história da vida. Em Sobre a Origem das Espécies (1859), o capítulo IV apresentou um diagrama abstrato de uma árvore teórica da vida para espécies de um grande gênero sem nome (ver figura).
Nas próprias palavras de Darwin: "Assim, as pequenas diferenças que distinguem as variedades da mesma espécie, tenderão a aumentar constantemente até se igualarem às maiores diferenças entre espécies do mesmo gênero, ou mesmo de gêneros distintos".
Este é um padrão de ramificação sem nomes dados às espécies, ao contrário da árvore mais linear que Ernst Haeckel fez anos mais tarde.
Em seu resumo à seção, conforme revisado na 6ª edição de 1872, Darwin explica sua visão sobre a Árvore da Vida:
As afinidades de todos os seres da mesma classe têm sido às vezes representadas por uma grande árvore. Creio que esta símile fala em grande parte a verdade. Os galhos verdes e brotos podem representar espécies existentes; e aqueles produzidos durante anos anteriores podem representar a longa sucessão de espécies extintas...
Os membros divididos em grandes ramos, e estes em ramos
menores e menores, já foram eles mesmos, quando a árvore era jovem, galhos em brotação; e esta conexão dos botões antigos e atuais, ramificando ramos, pode muito bem representar a classificação de todas as espécies extintas e vivas em grupos subordinados a grupos.
Dos muitos galhos que floresceram quando a árvore era um mero arbusto, apenas dois ou três, agora cresceram em grandes ramos, mas sobrevivem e suportam os outros galhos; assim, com as espécies que viveram durante longos períodos geológicos passados, muito poucos deixaram descendentes vivos e modificados. Desde o primeiro crescimento da árvore, muitos membros e galhos se deterioraram e caíram; e estes galhos caídos de vários tamanhos podem representar todas aquelas ordens, famílias e gêneros que agora não têm representantes vivos, e que são conhecidos por nós apenas em estado fóssil.
Como vemos, aqui e ali, um galho estreito brotando de um garfo baixo em uma árvore, e que por acaso foi favorecido e ainda está vivo em seu cume, então ocasionalmente vemos um animal como o Ornithorhynchus (Platypus) ou Lepidosiren (peixe-pulmão sul-americano), que em algum grau conecta por suas afinidades dois grandes ramos da vida, e que aparentemente foi salvo da competição fatal por ter habitado uma estação protegida.
Como os botões dão origem ao crescimento de botões frescos, e estes, se vigorosos, se ramificam e se sobrepõem em todos os lados muitos ramos mais caros, assim por geração acredito que tenha sido com a grande Árvore da Vida, que preenche com seus ramos mortos e quebrados a crosta da terra, e cobre a superfície com suas sempre vivas e belas ramificações.
