A prática do hanami tem muitos séculos de existência. Ela começou durante o Período Nara (710-784) quando a Dinastia Tang chinesa influenciou o Japão de muitas maneiras; uma das quais foi o costume de apreciar flores. Embora fossem as flores de ume que as pessoas admiraram no início, pelo Período Heian (794-1185), o sakura começou a atrair mais atenção. Os sakura eram considerados sagrados pelos japoneses, e eram tão importantes que ainda são um símbolo cultural do Japão. As pessoas acreditavam na existência dos deuses dentro das árvores, e a festa do hanami foi usada no início para adivinhar a colheita daquele ano e para anunciar a época de plantio do arroz. Aqueles que foram ao hanami fizeram oferendas na raiz das árvores de sakura e, após a cerimônia, participaram da oferenda bebendo saquê.
O Imperador Saga do Período Heian adotou este costume, e celebrou festas para ver as flores com saquê e festas sob os ramos floridos das árvores sakura na Corte Imperial em Kyoto. Dizia-se que esta era a origem do hanami no Japão. Foram escritos poemas elogiando as delicadas flores, que eram vistas como uma metáfora da própria vida; lindas, mas duradouras por um tempo muito curto. Esta visão "temporária" da vida é muito popular na cultura japonesa e é geralmente considerada como uma forma admirável de existência; por exemplo, no princípio de vida do samurai que termina quando ainda é bela e forte, em vez de lentamente ficar velho e fraco. Os poetas da era Heian costumavam escrever poemas sobre como as coisas seriam muito mais fáceis na primavera sem as flores de sakura, porque sua existência nos lembrava que a vida é muito curta:
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| Se não houvesse flores de cerejeira neste mundo
Quão mais tranqüilos seriam nossos corações na primavera. | 
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| Ariwara no Narihira (825-880) |
Hanami foi usado como um termo que significava "visualização da flor de cerejeira" pela primeira vez no romance Tale of Genji da era Heian (capítulo 8, 花宴 Hana no En, "Under the Cherry Blossoms"). A partir daí, em tanka e em poesia haiku, "flores" significava "sakura", e os termos "hanami" e "festa das flores" eram usados apenas para significar "visualização das flores em sakura". No início, o costume era seguido apenas pela Corte Imperial, mas a nobreza samurai também começou a celebrá-lo durante o Período Azuchi-Momoyama (1568-1600). Naqueles anos, Toyotomi Hideyoshi deu grandes festas hanami em Yoshino e Daigo, e a festividade tornou-se muito popular em toda a sociedade japonesa. Pouco depois disso, os agricultores começaram seu próprio costume de escalar montanhas próximas na primavera e almoçar sob as cerejeiras floridas. Esta prática, então chamada de "viagem às montanhas da primavera", combinou-se com a dos nobres para formar a cultura urbana do hanami. No Período Edo (1600-1867), todas as pessoas comuns participaram das celebrações, em parte porque Tokugawa Yoshimune plantou áreas de cerejeiras em flor para incentivar isto. Sob as árvores sakura, as pessoas almoçavam e bebiam saquê em festas alegres.
