A área tem uma longa história. Um cemitério neolítico com 16 tumbas de câmara construídas há cerca de 3.800 anos foi encontrado perto do castelo em 1959.
Um teatro romano foi descoberto quando a auto-estrada foi construída em 1964. Foi construída por volta de 100 d.C. Podia acomodar um público de cerca de 4.000 pessoas. Era parte de um pequeno vilarejo de 400 a 600 pessoas que existia há cerca de 200 anos. O vilarejo foi construído em ambos os lados da estrada por uma distância de aproximadamente 400 metros. Havia lojas, tabernas e pequenas fábricas que fabricavam produtos de madeira e couro. Atrás destes edifícios havia casas e fazendas. É possível que houvesse um pequeno forte no vilarejo. Os primeiros prédios eram de madeira, mas estes foram destruídos em um incêndio no final do primeiro século. Os novos prédios eram feitos de pedra. O vilarejo foi abandonado no século III.
Nos séculos V e VI, existiu uma aldeia Alamanni. O uso registrado mais antigo do nome Lencis (do qual deriva Lenzburg) é de 893. Em 1036, o Castelo Lenzburg tornou-se a sede do conde de Lenzburg, então um lorde importante. A família morreu em 1173, e o castelo era então propriedade do imperador Frederick Barbarossa. Depois disso, ele foi usado principalmente pela casa dos Kyburger. Os Habsburgs assumiram o castelo em 1273.
Os direitos da cidade foram concedidos em 1306. Lenzburg foi conquistada por Berna em 1415, juntamente com a parte ocidental do que hoje é Aargau. Berna não retirou seus direitos de cidade. Em 1433, a cidade de Berna comprou o castelo e o usou para governar a área de 1444 a 1798. Um grande incêndio arruinou a cidade em 1491. Apenas quinze casas não foram destruídas. A reforma foi realizada ao mesmo tempo com o resto da região em 1528. A economia começou a passar lentamente de uma economia agrícola para uma economia mais industrial no século 16. Uma fábrica têxtil foi fundada em 1732.
Em 1798, a República Helvetiana foi feita e os senhores de Berna foram removidos. O cantão de Aargau foi fundado e Lenzburg tornou-se a capital do distrito em 1803. O cantão ganhou o castelo em 1804. Lenzburg tornou-se o centro econômico da região no século XIX. Em 1875, Lenzburg foi acrescentada ao sistema ferroviário. A concorrência pelo comércio tornou-se muito grande e Lenzburg entrou em falência apenas um ano depois. A cidade se recuperou da falência durante os 10 anos seguintes.
Em 1886, o dramaturgo alemão Frank Wedekind viveu no castelo que seu pai havia comprado. Foi vendido em 1892 a August Edward Jessup da Filadélfia, que gastou muito dinheiro restaurando o castelo. Ele vendeu-o a um banqueiro de Chicago, James W. Ellsworth, em 1911. O filho de Ellsworth, Lincoln Ellsworth e Roald Amundsen usaram o castelo para planejar suas explorações polares na década de 1920.
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O teatro romano em Lenzburg