A microbiologia médica, também conhecida como "microbiologia clínica", é o estudo de micróbios, tais como bactérias, vírus, fungos e parasitas, que causam doenças humanas e seu papel na doença.

Os micróbios e o ramo da microbiologia são os mais estudados devido à sua grande importância para a medicina.

Estudos de microbiologia médica desenvolvem e progridem a doença infecciosa em um paciente e na população humana (epidemiologia). Está relacionado ao estudo da patologia e imunologia da doença. É um ramo da medicina e da microbiologia e inclui cinco ciências: bacteriologia, virologia, parasitologia, imunologia e micologia.