A conjugação bacteriana é a transferência de material genético entre células bacterianas por contato direto célula a célula ou por uma conexão em forma de ponte entre duas células.
A conjugação é um mecanismo de transferência horizontal de genes, assim como a transformação e a transdução, embora estes dois outros mecanismos não envolvam o contato célula a célula.
A conjugação bacteriana foi descoberta pelos ganhadores do Prêmio Nobel Joshua Lederberg e Edward Tatum. Eles mostraram que a bactéria Escherichia coli entrou numa fase sexual durante a qual poderia compartilhar informações genéticas.
A conjugação bacteriana é muitas vezes considerada incorretamente como o equivalente da reprodução sexual, uma vez que envolve o intercâmbio de material genético. Durante a conjugação, a célula doadora fornece um elemento genético conjugador ou mobilizável que é na maioria das vezes um plasmídeo ou transpositor. A maioria dos plasmídeos conjugativos possui sistemas que garantem que a célula receptora já não contenha um elemento similar.
As informações genéticas transferidas são muitas vezes benéficas para o destinatário. Os benefícios podem incluir resistência aos antibióticos, tolerância aos xenobióticos ou a capacidade de usar novos metabólitos. Tais plasmídeos benéficos podem ser considerados endossimbiontes bacterianos. Outros elementos, entretanto, podem ser vistos como parasitas bacterianos e a conjugação como um mecanismo por eles desenvolvido para permitir sua propagação.

