A seleção de equilíbrio refere-se a processos seletivos pelos quais diferentes alelos (diferentes versões de um gene) são mantidos no pool genético de uma população em frequências acima da mutação genética.

Isto geralmente acontece quando o heterozigoto para um gene tem uma aptidão relativa maior do que o homozigoto. Desta forma, o polimorfismo genético é conservado.

Evidências para a seleção de equilíbrio podem ser encontradas no número de alelos em uma população que são mantidos acima das frequências de mutação. Todas as pesquisas modernas têm mostrado que esta variação genética significativa é comum em populações em pânico. É a experiência de campo de Darwin, Wallace e outros, que as populações naturais na natureza são extraordinariamente variadas. Coleções de museus de uma única espécie contam a mesma história.

Há várias maneiras de equilibrar os trabalhos de seleção para manter o polimorfismo. As duas principais e mais estudadas são a vantagem dos heterozigotos e a seleção dependente da freqüência.