Todas as rodadas na fase final são de duas pernas, exceto a final. Caso os placares agregados sejam iguais após o tempo normal na segunda etapa, o time vencedor será aquele que marcou mais gols em sua partida fora de casa: se os placares nas duas partidas forem idênticos, o tempo extra é jogado. A regra dos gols fora de casa também se aplica se os resultados forem iguais no final do tempo extra. Se não houver gols marcados na prorrogação, o empate é decidido em uma cobrança de pênalti. O time primeiro a sair do chapéu em cada empate joga a primeira perna do empate em casa, e o segundo jogo fora de casa.
Parênteses
Modelo:UCBracket
Ronda de 32
O sorteio para a rodada 32, realizado pelo Secretário Geral da UEFA David Taylor e Michele Centenaro, chefe das competições de clubes da UEFA, foi realizado na sexta-feira, 21 de dezembro de 2007, às 13h00 CET, em Nyon, Suíça. Os oito vencedores dos grupos foram sorteados contra os oito times do terceiro colocado, enquanto os oito segundos colocados foram sorteados contra os oito times que terminaram em terceiro lugar nos grupos da Liga dos Campeões. Equipes do mesmo grupo ou do mesmo país não podem ser sorteadas juntas.
As primeiras partidas foram disputadas em 13 de fevereiro e 14 de fevereiro de 2008. A segunda etapa foi disputada em 21 de fevereiro de 2008.
| Equipe nº 1 | Agg. | Equipe nº 2 | 1ª etapa | 2ª parte |
| Aberdeen  | 3–7 | Bayern Munique | 2–2 | 1–5 |
| AEK Atenas  | 1–4 | Getafe | 1–1 | 0–3 |
| Bolton Wanderers  | 1–0 | Atlético Madri | 1–0 | 0–0 |
| Zenit São Petersburgo  | 2–2 (a) | Villarreal | 1–0 | 1–2 |
| Galatasaray  | 1–5 | Bayer Leverkusen | 0–0 | 1–5 |
| Anderlecht .svg(1).png) | 3–2 | Bordeaux | 2–1 | 1–1 |
| Brann  | 1–8 | Everton | 0–2 | 1–6 |
| Zurique  | 1–3 | Hamburgo | 1–3 | 0–0 |
| Rangers  | 1–1 (a) | Panathinaikos | 0–0 | 1–1 |
| PSV Eindhoven  | 4–1 | Helsingborg | 2–0 | 2–1 |
| Slavia Praga  | 2–3 | Tottenham Hotspur | 1–2 | 1–1 |
| Rosenborg  | 1–3 | Fiorentina | 0–1 | 1–2 |
| CP esportiva  | 5–0 | Basiléia | 2–0 | 3–0 |
| Werder Bremen  | 4–0 | Braga | 3–0 | 1–0 |
| Benfica  | 3–2 | Nurembergue | 1–0 | 2–2 |
| Marselha  | 3–2 | Spartak Moscou | 3–0 | 0–2 |
Rodada de 16
O sorteio para as oitavas de final, realizado pelo Secretário Geral da UEFA David Taylor, também foi realizado na sexta-feira, 21 de dezembro de 2007, às 13h00 CET, em Nyon, Suíça. As primeiras partidas foram disputadas no dia 6 de março de 2008. As segundas partidas foram disputadas nos dias 12 e 13 de março de 2008. Ao contrário das rodadas anteriores, as equipes do mesmo grupo ou país podem ser sorteadas a partir das oitavas de final.
| Equipe nº 1 | Agg. | Equipe nº 2 | 1ª etapa | 2ª parte |
| Anderlecht .svg(1).png) | 2–6 | Bayern Munique | 0–5 | 2–1 |
| Rangers  | 2–1 | Werder Bremen | 2–0 | 0–1 |
| Bolton Wanderers  | 1–2 | CP esportiva | 1–1 | 0–1 |
| Bayer Leverkusen  | 3–3 (a) | Hamburgo | 1–0 | 2–3 |
| Benfica  | 1–3 | Getafe | 1–2 | 0–1 |
| Fiorentina  | 2–2 (4–2p) | Everton | 2–0 | 0-2 (aet) |
| Tottenham Hotspur  | 1–1 (5–6p) | PSV Eindhoven | 0–1 | 1-0 (aet) |
| Marselha  | 3–3 (a) | Zenit São Petersburgo | 3–1 | 0–2 |
Quartas de final
O sorteio das quartas de final, semifinais e final, realizado pelo Secretário Geral da UEFA David Taylor e Denis Law, embaixador da final em Manchester, foi realizado na sexta-feira, 14 de março de 2008, às 14h00 CET, em Nyon, Suíça. A primeira etapa das quartas de final foi disputada no dia 3 de abril e a segunda etapa foi disputada no dia 10 de abril de 2008.
| Equipe nº 1 | Agg. | Equipe nº 2 | 1ª etapa | 2ª parte |
| Bayer Leverkusen  | 2–4 | Zenit São Petersburgo | 1–4 | 1–0 |
| Rangers  | 2–0 | CP esportiva | 0–0 | 2–0 |
| Bayern Munique  | 4–4 (a) | Getafe | 1–1 | 3-3 (aet) |
| Fiorentina  | 3–1 | PSV Eindhoven | 1–1 | 2–0 |
Semi-finais
Os jogos das semifinais foram disputados em 24 de abril e 1º de maio de 2008.
| Equipe nº 1 | Agg. | Equipe nº 2 | 1ª etapa | 2ª parte |
| Bayern Munique  | 1–5 | Zenit São Petersburgo | 1–1 | 0–4 |
| Rangers  | 0–0 (4–2p) | Fiorentina | 0–0 | 0-0 (aet) |
Final
A final foi disputada pela equipe russa Zenit St. Petersburg e pelo time escocês Rangers no dia 14 de maio de 2008 no Estádio City of Manchester, em Manchester, Inglaterra. Zenit venceu a partida por 2x0, com gols de Igor Denisov e Konstantin Zyryanov chegando nos últimos 20 minutos do jogo para dar ao Zenit seu primeiro título da Copa da UEFA.
A noite foi marcada por tumultos de uma minoria de partidários do Rangers no centro da cidade de Manchester.
| Vencedor da Copa UEFA2007-08 |
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| FC Zenit São Petersburgo Primeiro título |