Um hidrogenossoma é uma organela fechada por membrana de alguns ciliados anaeróbicos, tricomonas, fungos e alguns metazoários. Os hidrogenossomos de tricomonas (os mais estudados) produzem ATP por um ciclo metabólico complexo. Ao contrário das mitocôndrias, este ciclo não utiliza oxigênio. Pensa-se que os hidrogenossomos evoluíram a partir das mitocôndrias; sua estrutura é bastante semelhante.
Em 2010, os cientistas relataram sua descoberta dos primeiros metazoários anaeróbicos conhecidos com organelas semelhantes ao hidrogenoma. Estes organismos eram Loricíferos que viviam em sedimentos sob piscinas de águas profundas como a bacia de L'Atalante. Estas piscinas de salmoura são completamente sem qualquer oxigênio (anóxico).

