L'Atalante é apenas um de vários desses lagos sob as águas normais do Mediterrâneo. Quando o Estreito de Gibraltar foi fechado, há cerca de seis milhões de anos, o Mediterrâneo secou e tornou-se um enorme lago salgado, um pouco como o Mar Morto e o Grande Lago Salgado são hoje. Depois secou completamente, deixando uma enorme quantidade de sal. Quando o Estreito de Gibraltar abriu novamente, há cerca de cinco milhões de anos, a água do Oceano Atlântico correu para formar o Mediterrâneo que vemos hoje. Ainda hoje, o Atlântico alimenta o Mediterrâneo com água, porque a evaporação do "Med" é maior do que é proporcionada por seus rios. Com seu enorme suprimento de sal por baixo, e a constante evaporação, o Med é um mar salgado alto comparado com o Atlântico.
O lago L'Atalanta e seus vizinhos, os lagos Urania e Discovery, têm cerca de 35.000 anos de idade. Eles foram formados por depósitos de sal que se dissolveram do cume do Mediterrâneo e se recolheram em profundas depressões no fundo do Med. L'Atalante é o menor dos três. Sua superfície começa a cerca de 3.500 m (11.500 pés) abaixo do nível do mar.
Conteúdo de sal
A salinidade de L'Atalante (teor de sal) está próxima da saturação, a 36,5%, cerca de oito vezes mais do que a água do mar. Isto impede que a água da piscina de salmoura se misture com a água do mar "normal" acima. Sem misturar, o oxigênio de cima não pode entrar na piscina de salmoura. A água da bacia é completamente anóxica: não tem oxigênio.
Entre a água normal e a salmoura existe uma pequena zona limite (1,5 metros) chamada haloclina. O teor de sal sobe acentuadamente ali, e o oxigênio se reduz a zero. Esta haloclina entre a água do mar acima e a salmoura abaixo tem muitas células bacterianas e arqueológicas: são quimioautotrofos, que se alimentam de amônia da salmoura, mas não podem funcionar sem algum oxigênio. Certos oxidantes de metano e haloarchaea são encontrados apenas na haloclina.
