É feita uma distinção entre taxonomia e sistematização. A sistemática trata de como os grupos se relacionam uns com os outros. A taxonomia trata de fazer grupos (taxa), decidindo o que deve ser feito em conjunto. A taxonomia também é conhecida como classificação.
Uma parte especial da taxonomia é a nomenclatura. Esta consiste em regras sobre quais nomes usar. Assim, um taxonomista primeiro decide o que pertence ou não a um grupo, e depois usa a nomenclatura para decidir que nome este grupo deve ter. Se um grupo for feito maior ou maior, ele pode receber um nome diferente. Por outro lado, o mesmo nome pode se referir a um táxon maior (de acordo com um taxonomista em particular) ou a um táxon menor (de acordo com algum outro taxonomista). Isto significa que os nomes científicos não são garantidamente estáveis. A maioria dos nomes é estável, mas para alguns táxons não há acordo sobre seu nome, porque os taxonomistas não concordam com o que pertence e o que não pertence em conjunto.
Um taxonomista pode decidir por si mesmo que razões científicas ele adota para fazer um grupo (um táxon). Se ele não for convincente em sua escolha, outros taxonomistas não concordarão com ele, e então farão outras providências. Hoje em dia, a classificação biológica é feita principalmente de acordo com as relações evolutivas (filogenéticas), tanto quanto estas são conhecidas.
