Para maiores informações, veja Acritarch e Stromatolite
Os estromatiólitos, pilares de rocha construídos por colônias de cianobactérias e outros microorganismos, são os primeiros fósseis. Seu registro começa há cerca de 3,5 bilhões de anos, e eram muito comuns a partir de cerca de 2700 mya. Eles diminuíram acentuadamente após cerca de 1250 mya, e este declínio foi provavelmente causado pelo pastoreio e enterramento de animais.
A diversidade marinha pré-cambriana era dominada por pequenos fósseis conhecidos como acritarchs. Este termo descreve quase todos os pequenos fósseis orgânicos murados - desde as caixas de ovos de pequenos metazoários até cistos de repouso de muitos tipos diferentes de algas verdes. Após aparecerem por volta de 2000 mya, os acritarchs tiveram um boom em torno de 1000 mya, aumentando em número, diversidade, tamanho, complexidade de forma e especialmente tamanho e número de espinhos. Suas formas cada vez mais espinhosas nos últimos bilhões de anos podem indicar uma maior necessidade de defesa contra a predação. Outros grupos de pequenos organismos da era Neoproterozóica também mostram sinais de defesas anti-predadoras. A medição da longevidade do taxon parece mostrar um aumento da predação por volta desta época. Entretanto, em geral, a taxa de evolução no Pré-Cambriano foi muito lenta, com muitas espécies de cianobactérias durando sem alterações por bilhões de anos. Naturalmente, as bactérias são definidas principalmente por sua bioquímica, especialmente seus genomas. As mudanças em sua bioquímica normalmente não deixariam nenhum vestígio no registro fóssil.
Se os organismos predadores que pastavam em bactérias e acritarcas eram realmente metazoários, isto significa que os animais cambrianos não apareceram "do nada" na base do Cambriano; seus ancestrais existiam há centenas de milhões de anos.