A genética ecológica é o estudo da genética e da evolução em populações naturais.

Isto contrasta com a genética clássica, que funciona principalmente em cruzamentos entre cepas de laboratório, e análise de seqüência de DNA, que estuda genes em nível molecular.

A pesquisa em genética ecológica é sobre características relacionadas à aptidão física, que afetam a sobrevivência e a reprodução de um organismo. Exemplos podem ser: tempo de floração, tolerância à seca, polimorfismo, mímica, defesa contra os predadores.

A pesquisa geralmente envolve uma mistura de estudos de campo e de laboratório. Amostras de populações naturais podem ser levadas de volta ao laboratório para que sua variação genética seja analisada. As mudanças nas populações em diferentes momentos e lugares serão notadas, e o padrão de mortalidade nessas populações será estudado. A pesquisa é freqüentemente feita em insetos e outros organismos que têm tempos de geração curtos.