O império babilônico foi finalmente encerrado por Ciro, o Grande da Pérsia.
Foi em 549 a.C. que Cyrus pôs um fim ao império dos Medos. Três anos mais tarde, Ciro havia se tornado rei do Império Aquemênida (Pérsia), e estava envolvido em uma campanha no norte da Mesopotâmia.
Em 539 AC, Cyrus invadiu a Babilônia. Uma batalha foi travada em Opis no mês de junho, onde os babilônios foram derrotados; e imediatamente depois Sippara se rendeu ao invasor. Dois dias após a captura de Sippara, "os soldados de Ciro entraram na Babilônia sem lutar". Ciro não chegou até o dia 3 de Marchesvan (outubro), tendo Gobryas agido por ele em sua ausência. Gobryas foi agora nomeado governador da província da Babilônia.
Ciro afirmava agora ser o legítimo sucessor dos antigos reis babilônicos e o vingador de seu deus Bel-Marduk. A invasão da Babilônia por Ciro foi sem dúvida ajudada pela presença de exilados forçados estrangeiros como os judeus, que haviam sido plantados no meio do país.
Um dos primeiros atos de Cyrus foi permitir que esses exilados retornassem a suas próprias casas, levando consigo as imagens de seu deus e seus vasos sagrados. A permissão para fazê-lo foi incorporada em uma proclamação, pela qual o conquistador tentou justificar sua reivindicação ao trono da Babilônia. O sentimento ainda era forte de que ninguém tinha o direito de governar a Ásia ocidental até que ele tivesse sido consagrado ao cargo por Bel e seus sacerdotes; e, portanto, Ciro passou a assumir o título imperial de "Rei da Babilônia".