Bonao fica no Vale de Bonao, no centro da República Dominicana. Tem uma área total de 142,8 km2 (55,1 sq mi). Tem cinco distritos municipais (um distrito municipal é uma subdivisão de um município); estes são Arroyo Toro-Masipedro, Jayaco, Juma Bejucal, La Salvia-Los Quemados e Sabana del Puerto.
A altitude da cidade de Bonao é de 83 m acima do nível do mar.
O município de Bonao tem a província de La Vega ao norte e ao oeste, a província de Sánchez Ramírez ao leste, o município de Maimón ao sudeste, o município de Piedra Blanc ao sul e a província de San José de Ocoa ao sudoeste.
A cidade está próxima ao Rio Yuna, um dos rios mais importantes da ilha Hispaniola; as nascentes do rio estão no lado oriental da Cordilheira Central ("Cordilheira Central"). Ela corre através do Vale do Bonao e depois pelo Vale do Cibao e entra na Baía de Samaná.
Há outros rios menores perto de Bonao, tributários do Rio Yuna.
Clima
Bonao tem um clima tropical úmido (classificação Köppen-Geiger: Af) sem estação seca ou fria, pois é constantemente úmido (chuvas durante o ano inteiro).
A quantidade média de chuva para o ano na cidade é de 2.216,2 mm (87,3 pol.). O mês com maior precipitação em média é maio com 333,3 mm (13,1 pol.) de precipitação, seguido por outubro com 251,8 mm (9,9 pol.).
A estação mais seca é o inverno. O mês com menor precipitação em média é janeiro com uma média de 107,2 mm (4,2 pol.) seguido por fevereiro com uma média de 108,3 mm (4,3 pol.).
| Dados climáticos para Bonao (1961-1990) |
| Mês | Jan | Fev | Mar | Abr | Maio | Jun | Jul | Ago | Set | Out | Nov | Dez | Ano |
| Média alta °C (°F) | 29.5 (85.1) | 29.9 (85.8) | 30.8 (87.4) | 31.3 (88.3) | 31.7 (89.1) | 32.9 (91.2) | 33.0 (91.4) | 33.0 (91.4) | 33.1 (91.6) | 32.6 (90.7) | 31.2 (88.2) | 29.5 (85.1) | 31.5 (88.8) |
| Média baixa °C (°F) | 18.1 (64.6) | 18.1 (64.6) | 18.7 (65.7) | 19.5 (67.1) | 20.1 (68.2) | 20.9 (69.6) | 21.1 (70.0) | 21.0 (69.8) | 20.6 (69.1) | 20.3 (68.5) | 19.6 (67.3) | 18.7 (65.7) | 19.7 (67.5) |
| Média de pluviosidade mm (polegadas) | 107.2 (4.22) | 108.3 (4.26) | 117.7 (4.63) | 204.1 (8.04) | 333.3 (13.12) | 138.8 (5.46) | 176.3 (6.94) | 203.9 (8.03) | 180.2 (7.09) | 251.8 (9.91) | 248.2 (9.77) | 146.4 (5.76) | 2,216.2 (87.23) |
| Fonte: NOAA |