Reinado precoce
William escolheu ser coroado no Natal. Isto em parte porque ele pensava que os ingleses teriam menos chance de se revoltar neste dia de festa. Foi também uma boa escolha porque ele acreditava que era a vontade de Deus que ele fosse rei. Agora o rei, Guilherme passou alguns meses na Inglaterra. Ele então voltou à Normandia deixando a Inglaterra nas mãos de dois homens capazes. Estes eram seu meio-irmão Odo, o bispo de Bayeux e William FitzOsbern. Odo foi feito Conde de Kent enquanto FitzOsbern se tornou Conde de Hereford. Os três condees ingleses restantes foram deixados no lugar. Quando William voltou para a Normandia com ele, muitos de seus seguidores. Muitos de seus soldados que haviam sido pagos e outros dos quais ele desejava manter o controle. Em particular estes eram o arcebispo inglês Stigand e Edgar Atheling. Ele também trouxe seus três condes ingleses restantes, Edwin, Morcar e Waltheof. Isto foi para que nenhum deles pudesse iniciar uma revolta enquanto ele estava fora. William tinha seus deveres em casa para cuidar. Também muitos de seus soldados precisavam voltar para manter o ducado a salvo.
Quando William retornou a Londres em dezembro de 1067, ele começou a descobrir quais problemas haviam surgido enquanto ele estava fora. Hertfordshire havia sido invadido por mercianos. Então Exeter não havia aceitado a regra do novo rei. Guilherme levantou dinheiro de todas aquelas partes da Inglaterra que pagariam. Ele também chamou os impostos ingleses. Exeter se rendeu depois que um de seus reféns foi cego. Depois que ele subjugou Devon e Cornwall, tudo parecia calmo. Em Winchester William mandou chamar sua esposa Matilda, que foi coroada rainha da Inglaterra em Pentecostes.
No verão, mais rebeliões haviam surgido. Ao mesmo tempo, outros estavam fugindo da Inglaterra. Edgar Atheling junto com sua mãe e suas irmãs partiram para a Escócia, onde foram acolhidos. No Norte, fortes grupos anti-normandos estavam se reunindo em torno de York. Earl Edwin e seu irmão Morcar deixaram a corte de Guilherme para se juntarem aos rebeldes no norte. William então construiu um castelo em Warwick. Isto fez com que os Condes e outros cedessem a Guilherme. Outros castelos se seguiram. Guilherme então entrou em York, onde outros vieram até ele e se submeteram. Ele então negociou com o rei dos escoceses para evitar qualquer invasão da Inglaterra pelo norte. Mas sua campanha no Norte não foi tão eficaz quanto ele pensava. Em 1069, uma segunda revolta se transformou em guerra. Os homens que Guilherme deixou no comando haviam sido mortos. Uma pequena força normanda resistia em York quando Guilherme veio em seu auxílio. Após a construção de outro castelo, Guilherme deixou o conde William FitzOsbern no comando. Durante os cinco meses seguintes, o norte ficou tranqüilo. Mas os líderes do norte da Inglaterra haviam enviado uma mensagem ao rei Swein na Dinamarca oferecendo-lhe a coroa se ele pudesse derrotar os normandos. Swein enviou uma frota dinamarquesa para a Inglaterra.
No verão de 1069, a frota dinamarquesa apareceu ao largo da costa de Kent. Ela se deslocou pela costa em direção ao norte, fazendo raides enquanto ia avançando. Guilherme e seu exército estavam no sul, protegendo-se de qualquer incursão. Finalmente, a frota se juntou aos rebeldes ingleses nas margens do rio Humber. Os demais conde ingleses abandonaram Guilherme e se juntaram às forças combinadas inglês-dinamarquesas. Eles se moveram contra a guarnição normanda em York e mataram todas as mulheres e crianças, exceto algumas delas. William Malet, um normando que havia vivido na Inglaterra antes de 1066, também foi poupado.
Harrying do norte
O exército do norte de William foi dizimado e York estava em ruínas. Ao mesmo tempo, rebeliões menores estavam surgindo no País de Gales e no sudoeste da Inglaterra. Guilherme sabia que estava com problemas. Ele começou chamando todos os seus comandantes e tropas para combinar suas forças. O rei sabia que com um exército menor ele tinha que lidar com um grupo de rebeldes de cada vez. Ele enviou William FitzOsbern e Brian da Bretanha para lidar com Exeter. O próprio Guilherme lutou contra um exército que vinha do leste. Em ambos os casos, os exércitos normandos saíram vitoriosos. Ele agora se mudou para os exércitos do norte que haviam destruído York. Mas ele não conseguiu chegar mais ao norte do que Pontefract. Depois de várias semanas, William subornou a frota dinamarquesa para se retirar de York para o inverno. Eles concordaram e voltaram para a boca do Humber para o inverno lá. William agora foi capaz de se mudar para York. Ele reconstruiu os castelos de lá. Ele então teve suas forças espalhadas e destruiu tudo o que era útil para que o exército inglês e dinamarquês se alimentassem. O resultado foi uma fome generalizada e as pessoas da região saíram ou morreram de fome. Este foi o infame assédio do Norte por parte de Guilherme. O resultado de tudo isso foi a rendição de seus Condes ingleses e da maioria dos rebeldes na Inglaterra. Os poucos grupos restantes foram rapidamente esmagados pelo exército de Guilherme. Mas um grupo provou ser mais teimoso. Isto foi em Chester e depois de uma marcha forçada durante o inverno, William os surpreendeu antes que estivessem prontos. Após sua rendição, ele construiu lá mais dois castelos e depois voltou para Winchester.
Governo da Inglaterra e da Normandia
William nunca mais teve que desperdiçar um condado como fez com Yorkshire. Ele havia lidado com as principais ameaças ao seu governo, mas algumas só haviam sido resolvidas em parte. A frota dinamarquesa voltou em 1070, desta vez liderada pelo rei Swen. Eles se juntaram a um pequeno grupo de rebeldes na Ilha de Ely, liderados por Hereward the Wake. Mais uma vez Guilherme subornou os dinamarqueses para partir e depois lidou com os rebeldes. Hereward nunca mais foi ouvido de novo.
William agora tinha que governar tanto a Inglaterra quanto a Normandia. Ele descobriu que tinha que estar presente para manter as coisas sob controle. Quando ele estava na Normandia, muitas vezes surgiram problemas na Inglaterra. Quando na Inglaterra, porém, a Normandia estava sendo governada por sua esposa Matilda. Mas Fulk Rechin, o novo conde de Anjou, havia tirado o Maine do controle de William. William teve que tomá-lo de volta em 1073.
Em 1082 William prendeu seu meio-irmão Odo, bispo de Bayeux e Conde de Kent. As razões são incertas, mas Odo estava tentando formar um exército para marchar sobre Roma. Seu plano era se tornar o próximo Papa. Guilherme o colocou em julgamento na Ilha de Wight. Além de outros crimes foi o de tentar levantar um exército entre os soldados de Guilherme. Como Guilherme salientou, eles eram necessários para a defesa da Inglaterra. Odo protestou que nem mesmo um rei poderia julgá-lo. Como bispo, só o Papa poderia. Guilherme respondeu que ele não estava agarrando um bispo, ele estava agarrando seu conde, que ele deixou no comando durante sua ausência. Odo foi preso na Normandia para o resto de sua vida.
Em 1083 a rainha Matilda morreu e foi enterrada em Caen. Os dois haviam sido muito próximos e só discordaram sobre seu filho Robert Curthose. Robert havia se rebelado repetidamente contra seu pai, mas manteve contato com sua mãe. Isto causou uma fenda entre eles. Filipe I, da França, achou difícil para seu vassalo tornar-se um rei como ele e se ressentiu tanto com Guilherme. Não suficientemente forte para lutar contra o próprio Guilherme, quando Robert Curthose se rebelou contra seu pai, o rei Filipe o ajudou.
No verão de 1085 William soube que o Canute IV da Dinamarca estava preparando uma frota para velejar contra a Inglaterra. William retornou à Inglaterra no outono com muitos soldados. Ele teve que pagá-los e alimentá-los, a um grande custo. Pode ter sido nesta época que ele percebeu que não tinha registros do que lhe era devido como rei. Ele não sabia se estava cobrando todos os impostos que lhe eram devidos.
Livro do dia do lar
Em sua corte de Natal em Gloucester, em 1085, William pediu que fosse feita uma grande pesquisa em todas as partes da Inglaterra. O rei queria saber quantas pessoas viviam em seu [reino]. Ele queria saber o tamanho de cada propriedade, o que cada uma valia, e quanto renda trazia. Nunca tinha sido feita uma pesquisa desse tipo na Inglaterra. Era único em seus detalhes e em sua contribuição para a história inglesa. O Domesday Book foi o primeiro registro público na Inglaterra.
O texto do livro se encaixa em dois volumes. O primeiro cobriu trinta e um condados. Foi chamado de "Great Domesday" por causa de seu tamanho. O segundo cobriu os condados de Essex, Norfolk e Suffolk e foi chamado de "Pequeno Domesday". Os fatos foram registrados por vários painéis compostos por bispos e condes. Cada painel coletava informações sobre vários condados. William foi presenteado com uma grande coleção de registros escritos em 1 de agosto de 1086. Este se tornou o "Domesday Book", embora não fosse encadernado em livros por quase outro século.
Últimos anos
William morreu quando estava em Rouen, França, devido a ferimentos que recebeu por ter caído de um cavalo que possuía.