Poltronas individuais
Em 1986, a Fórmula 3000 foi introduzida no Japão. Mugen uniu-se à Honda para construir um motor F3000. Foi introduzido na temporada de 1987 e alugado a 14 equipes. Em 1988, Mugen conquistou quatro dos cinco primeiros lugares no campeonato japonês da F3000. Em 1989, Mugen entrou na F3000 européia com o motor MF308. Eles venceram o campeonato com Jean Alesi dirigindo um Reynard. No mesmo ano, a empresa produziu seu próprio protótipo de motor de Fórmula 1 3,5 L V8, codinome MF350.
Em 1988, a Mugen começou a afinar os motores Honda para uso na Fórmula 3. Eles venceram a série japonesa com Akihiko Nakaya, e em 1990 se expandiram para a Europa. Mugen venceu seu primeiro campeonato de Fórmula 3 na Europa. Eles levaram o título francês com Eric Hélary e a coroa britânica com Mika Häkkinen. Eles também conquistaram o título em 1991 com Rubens Barrichello.
Fórmula 1
Em 1991, Mugen construiu os motores Honda V10 para a Tyrrell. Em 1992, o motor foi renomeado para Mugen MF351H. O motor foi usado pela equipe Footwork em 1992 e 1993.
Em 1994, Mugen mudou-se para a Team Lotus com o novo Lotus 109. A equipe foi subfinanciada e o chassi 109 chegou atrasado. O carro e seu motor receberam um único ponto. No final do ano, o Lotus fechou.
Mugen mudou para a equipe Ligier em 1995. Em 1996, Mugen venceu sua primeira corrida de Fórmula 1. O motor 3.0 L, codinome MF301H, venceu no Grande Prêmio de Mônaco de 1996, com Olivier Panis dirigindo.
Ligier foi assumida por Alain Prost em 1997, e renomeada Prost Grand Prix. Quando a Prost mudou os motores da Peugeot em 1998, Mugen chegou a um acordo de dois anos com a Jordan Grand Prix. A temporada de 1998 viu um 1-2 terminar em Spa-Francorchamps com Damon Hill e Ralf Schumacher.
Em 1999, Heinz-Harald Frentzen venceu duas vezes e Jorden terminou o campeonato de constuctores em terceiro lugar. Em 2000, a Honda Motor Company anunciou que voltaria para a Fórmula 1. A Honda forneceria seus próprios motores em 2000 com a British American Racing. No final da temporada 2000, Mugen saiu da F1.
Corrida de carros esportivos
Em 1998, Mugen entrou nas corridas de carros esportivos. Eles construíram vários carros de corrida NSX. Em 2000, a equipe Mugen/Dome foi campeã.
Em 2001, no JGTC, o Mugen NSX venceu duas corridas. Em junho, a empresa anunciou o novo 4.0 L V8. O MF408S foi construído para a principal classe de protótipos nas 24 Horas de Le Mans e American Le Mans Series.