Durante a era, as mudanças climáticas foram tão severas quanto qualquer outra na história da Terra. A partir de uma alta temperatura global no início, houve três enormes eras glaciais, com gelo nas profundezas dos trópicos.
Queda de metano
Há indícios claros de que a era viu uma queda no metano atmosférico:
"O colapso do metano de níveis anteriormente altos na atmosfera Arqueana provavelmente desempenha um grande papel, não apenas a história da oxigenação, mas também a ocorrência da idade do gelo Paleoproterozóico. Os dados apontam para 2,4-2,3 bilhões de anos atrás como anfitrião de um "Grande Evento de Oxidação", durante o qual o ambiente da superfície terrestre mudou profunda e irreversivelmente".
A acumulação de oxigênio
O oxigênio era produzido pelas cianobactérias, mas era utilizado em sua maioria por lavatórios químicos. Estes eram o enxofre e o ferro não oxidados. Até cerca de 2,3 bilhões de anos atrás, o oxigênio era provavelmente apenas 1% a 2% de seu nível atual. p323
As formações de ferro em fitas, que fornecem a maior parte do minério de ferro do mundo, foram formadas pelos compostos formadores de oxigênio com ferro; a maior parte do acúmulo cessou depois de 1,9 bilhões de anos atrás. As camadas vermelhas, que são coloridas por hematita, indicam um aumento no oxigênio atmosférico após 2 bilhões de anos atrás; não são encontradas em rochas mais antigas. p324
Idades do gelo
Havia três grandes eras glaciais, com gelo nas profundezas dos trópicos. Sem dúvida, elas aconteceram como resultado da redução dos gases de efeito estufa na atmosfera, e do aumento da produção de oxigênio.
Há o que os pesquisadores chamam de "um intervalo intrigante de ~1.400 milhões de anos sem glaciação verificada entre as primeiras glaciações paleoproterozóicas em 2400-2200 mya na América do Norte, África do Sul, Escandinávia e Austrália e as glaciações neoproterozóicas que afetaram todos os continentes em 800-600 mya".
Greves de meteoritos
Houve grandes impactos de bólides durante a época, dois dos quais causaram as maiores crateras de impacto na Terra. Existem também três menores (com diâmetro igual ou superior a 30 quilômetros) no fuso horário de 3,0 a 1,2 bilhões de anos atrás.