Após o ataque a Pearl Harbor em 7 de dezembro de 1941, a Marinha japonesa e sua força aérea foram derrotadas em várias batalhas importantes, como Midway e o Mar das Filipinas. Eles perderam muitos navios (incluindo quase todos os porta-aviões japoneses), centenas de aviõesde combate e muitos de seus melhores pilotos. A indústria japonesa era pequena e muito pobre em comparação com a indústria americana. Por esta razão, os Estados Unidos substituíram muito rapidamente seus navios e aviões perdidos por outros melhores; mas o Japão só conseguiu fazer poucos, e de má qualidade. Durante 1943-44, as forças aliadas estavam se movendo em direção ao Japão. Na Batalha do Mar das Filipinas, em 19-20 de junho de 1944, as forças japonesas foram empurradas de volta para as Filipinas.
Em 15 de julho, Saipan (nas Ilhas Marianas do Norte) foi capturada pelas forças aliadas. A captura de Saipan tornou possível que a Força Aérea do Exército dos Estados Unidos atacasse o próprio Japão, utilizando bombardeiros da Superforça B-29. Após a queda de Saipan, os comandantes japoneses sabiam que os Aliados iriam tentar capturar as Filipinas em seguida. As Filipinas eram muito importantes porque estavam localizadas entre os campos de petróleo do sudeste asiático e do Japão. Se o Japão perdesse o controle sobre as Filipinas, eles teriam pouco combustível para seus navios. Em 17 de outubro, os Aliados iniciaram o ataque às Filipinas na Batalha do Golfo de Leyte.
O vice-almirante Takijiro Onishi estava a cargo da Força Aérea japonesa em Manila. Ele entendeu que era impossível vencer a batalha com tão poucos aviões e pilotos treinados. Por esta razão, ele decidiu formar uma força de ataque suicida, a Unidade Especial de Ataque. Um grupo de 24 pilotos estudantes se voluntariou para a missão. A força de ataque especial foi organizada em 4 grupos, Unidade Shikishima, Unidade Yamato, Unidade Asahi, e Unidade Yamazakura. Estes nomes foram retirados de um poema patriótico (waka ou tanka), escrito pelo poeta clássico japonês, Motoori Norinaga: (敷島の 大和心を 人問はば 朝日に匂う 山桜花). O poema lê: "Shikishima no Yamato-gokoro wo hito towaba, asahi ni ni niou yamazakura bana
|  | Se alguém perguntar sobre o espírito Yamato (Spirit of Old/True Japan) de Shikishima (um nome poético para o Japão) - são as flores de yamazakura (flor de cerejeira da montanha) que são perfumadas no Asahi (sol nascente). (Uma tradução menos literal poderia ser lida como: Se alguém pergunta sobre o espírito do Japão, são as flores de cerejeira da montanha que são perfumadas pelo sol nascente. ) |  |
Os japoneses foram derrotados na batalha de Leyte Gulf, mas a força de ataque especial teve grande sucesso. O primeiro ataque kamikaze ocorreu em 21 de outubro de 1944, contra o navio-estandarte da Marinha Real Australiana, HMAS Austrália. 30 marinheiros morreram no ataque, incluindo seu capitão Emile Dechaineux, e muitos mais ficaram feridos. Até 26 de outubro, mais 47 navios Aliados haviam sido atacados. A maioria deles estavam muito danificados ou afundados, como o porta-aviões norte-americano USS St. Lo.
Este sucesso precoce convenceu os comandantes japoneses a continuar os ataques kamikaze. Muitos outros pilotos foram recrutados para atuar como kamikaze. Durante os meses seguintes, mais de 2.000 aviões fizeram tais ataques. Quando o estoque de aviões japoneses começou a diminuir, novos modelos de baixa qualidade foram construídos para essas missões. Alguns deles, como o Nakajima Ki-115 Tsurugi, eram feitos principalmente de madeira e usavam estoques de motores mais antigos. O trem de pouso do avião era geralmente largado pelo piloto após a decolagem para que pudesse ser usado por outras aeronaves, pois ele não voltaria a pousar. Programas semelhantes de ataque suicida foram planejados, incluindo bombas-foguete com pilotos (chamadas Ohka) e torpedos submarinos (Kaiten).
O ponto alto dos ataques kamikaze veio de 6 de abril a 25 de maio de 1945 durante a Batalha de Okinawa, na Operação Kikusui ("crisântemos flutuantes"). Naquela época, ocorreram sete importantes ondas de ataques, com mais de 1.500 aviões kamikaze. Como seu treinamento tinha sido muito curto e seus aviões eram mal feitos, os pilotos kamikaze eram alvos fáceis para os experientes pilotos Aliados, que também tinham aviões muito melhores. Mas mesmo assim, os kamikaze que escaparam do fogo antiaéreo e os aviões de combate inimigos causaram grandes danos à frota dos Aliados. Os Aliados venceram a batalha, mas perderam muitos navios e homens por causa dos ataques kamikaze. Ao final da batalha, pelo menos 21 navios americanos haviam sido afundados por kamikazes. Alguns navios de outras marinhas Aliadas também foram afundados, e dezenas de outros foram danificados.
Centenas de aviões kamikaze extras estavam prontos para defender o Japão da invasão. Entretanto, com a rendição do Japão em 15 de agosto após os bombardeios atômicos de Hiroshima e Nagasaki e a declaração de guerra da União Soviética, eles nunca mais foram utilizados.