Em 1936, Indiana Jones está tentando encontrar o ídolo dourado na selva do Peru. Seu guia, Sapito, o trai e tenta tomar o ídolo para si, mas é morto em uma das armadilhas. Depois que Jones sai do templo, ele encontra seu rival Belloq e uma dúzia de nativos segurando lanças. Jones desiste do ídolo e corre para seu avião.
Enquanto lecionava no Marshall College, o Exército dos Estados Unidos se aproxima dele e diz que os nazistas estão tentando encontrar a Arca do Convênio. Jones quer encontrá-la primeiro, então ele vai a um bar no Nepal. Seu antigo professor, Abner Ravenwood, estava tentando encontrar a Arca e tem o capacete para o Pessoal de Ra, uma peça importante que é necessária para encontrá-la. Sua filha, Marion, agora dirige o bar de Abner e ela lhe dá um soco na cara porque eles tiveram um romance e ele fugiu. Ela, no entanto, vem com ele depois que o nazista Toht e seus amigos tentam conseguir a peça eles mesmos.
Jones e Ravenwood voam para o Cairo e recrutam um homem chamado Sallah para ajudá-lo. Eles começam a cavar na área onde eles pensam que está. Os nazistas capturam Ravenwood e fazem Jones pensar que ela está morta. Sallah e Jones fazem alguns cálculos e percebem que os nazistas estão cavando na área errada, porque seu pessoal é muito longo. Jones encontra o lugar certo e começa a cavar, encontrando-o em um lugar chamado Poço das Almas. No entanto, Belloq volta, levanta a Arca e joga Ravenwood lá dentro. Eles escapam.
Depois de uma batalha, Jones recebe a Arca de volta. Sallah a coloca em um navio, mas os nazistas em um submarino interceptam o navio e o revistam. Jones escapa. Ele então pega uma grande arma chamada Panzerschreck e ameaça explodir a Arca enquanto ela está sendo carregada em uma ilha. Belloq chama Jones de bluff, e Jones baixa sua arma. Ele e Marion são então amarrados enquanto Belloq e os nazistas testam o poder da Arca, abrindo-a. Os espíritos lá dentro matam a todos. Jones e Marion fecham os olhos e escapam da raiva dos espíritos.
No final do filme, o governo coloca a Arca dentro de um armazém. O Exército diz a Jones que a está estudando, mas Jones não acredita neles. Marion tenta confortá-lo dizendo que vai lhe pagar uma bebida.
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