Depois que a Alemanha invadiu os Países Baixos, o Seyß-Inquart tornou-se Reichskommissar para a Holanda ocupada em maio de 1940. Seu trabalho era organizar a administração civil, criar laços econômicos estreitos com a Alemanha e defender os interesses do Reich.
Ele apoiou o Partido Nacional Socialista Holandês (NSB) e permitiu que ele criasse um Landwacht paramilitar, como uma força policial auxiliar. Outros partidos políticos foram proibidos no final de 1941, e muitos ex-funcionários do governo foram presos em Sint-Michielsgestel. A administração do país era amplamente controlada pelo próprio Seyß-Inquart.
Ele introduziu medidas para combater o "terror", e quando uma greve generalizada ocorreu em Amsterdã, Arnhem e Hilversum, em maio de 1943, foram realizadas cortes-marciais especiais e uma multa coletiva de 18 milhões de florins foi imposta. Seyß-Inquart autorizou a execução de cerca de 800 pessoas antes da libertação. Algumas pessoas dizem que não foram apenas 800, mas mais de 1.500, incluindo execuções sob a chamada "Lei dos Reféns" envolvendo (entre outros) prisioneiros políticos que estavam próximos de serem libertados, o incidente de Putten, e a execução de represálias de 117 holandeses pelo ataque à SS e ao líder da polícia" Hanns Albin Rauter. A partir de julho de 1944, a maioria dos poderes de Seyß-Inquart foram transferidos para o comandante militar na Holanda e para a Gestapo, mas ele ainda era uma figura política importante e poderosa.
Havia dois pequenos campos de concentração na Holanda:
- KZ Herzogenbusch perto de Vught, e
- Kamp Amersfoort perto de Amersfoort.
Havia também um "campo de assembléia judaica" em Westerbork, além de vários outros campos controlados pelos militares, a polícia, a SS ou a administração do Seyß-Inquart. Estes incluíam um campo de "recrutamento voluntário de mão-de-obra" em Ommen. Um total de cerca de 530.000 civis holandeses trabalhavam para os alemães, dos quais 250.000 foram enviados para fábricas na Alemanha.
Seyss-Inquart era um anti-semita: poucos meses após sua chegada à Holanda, ele demitiu judeus do governo, da imprensa e de posições de liderança na indústria. As medidas anti-judaicas aumentaram depois de 1941: aproximadamente 140.000 judeus foram registrados, um gueto foi criado em Amsterdã e um acampamento de trânsito foi montado em Westerbork. Em fevereiro de 1941, 600 judeus foram enviados para os campos de concentração de Buchenwald e Mauthausen. Mais tarde, os judeus holandeses foram enviados para Auschwitz. Com a aproximação das forças aliadas em setembro de 1944, os judeus restantes em Westerbork foram enviados para Theresienstadt. Dos 140.000 judeus holandeses registrados, apenas 44.500 sobreviveram à guerra.
Quando Hitler cometeu suicídio em 30 de abril de 1945, Seyß-Inquart tornou-se o Ministro das Relações Exteriores do novo governo alemão do Almirante Karl Dönitz.
O regime nazista havia tentado uma política de "terra queimada", e também destruiu algumas docas e portos. Seyß-Inquart concordou com o Ministro do Armamento Albert Speer que destruir tudo para manter materiais valiosos das forças Aliadas ou de um novo governo após a guerra estava errado. Seyß-Inquart também ajudou no chamado "inverno da fome" de 1945 a distribuir alimentos, e permitiu que os aviões Aliados deixassem cair o pão branco sueco para o povo faminto do norte ocupado da Holanda. Ele permaneceu Reichskommissar até 8 de maio de 1945, quando, após uma reunião com Karl Dönitz para confirmar seu bloqueio das ordens de terra queimada, ele foi capturado em Hamburgo.