Em 50 AC, o Senado, liderado por Pompeu, ordenou a César que desmantelasse seu exército e retornasse a Roma porque seu mandato como governador havia terminado. César pensou que seria processado se entrasse em Roma sem a imunidade de que gozava um magistrado. Pompeu acusou César de insubordinação e traição.
Atravessando o Rubicão
César e seu exército aproximaram-se de Roma e atravessaram o Rubicão, um rio raso no nordeste da Itália, em 49 AC. Era o ponto a partir do qual nenhum exército deveria ir. O rio marcava a fronteira entre a Gália Cisalpina ao norte, e a Itália propriamente dita ao sul. Atravessar o Rubicão causou uma guerra civil. Pompeu, o cônsul legítimo, e seus amigos, fugiram de Roma quando o exército de César se aproximava.
Pompeu conseguiu escapar antes que César pudesse capturá-lo. César decidiu ir para a Espanha, deixando a Itália sob o controle de Marco Antônio. César fez uma rota surpreendente de 27 dias para a Espanha, onde derrotou os tenentes de Pompeu. Ele então voltou para o leste, para desafiar Pompeu na Grécia. Lá, em julho de 48 a.C., em Dyrrhachium Caesar mal conseguiu evitar uma derrota catastrófica. Ele derrotou então decisivamente Pompeu, na Batalha de Farsalus, mais tarde naquele ano.
Ditador finalmente
Em Roma, César foi nomeado Ditador, com Marco Antônio como seu Mestre do Cavalo (segundo no comando). César presidiu sua própria eleição para um segundo consulado e, após onze dias, renunciou a esta ditadura.
No final de 48 AC, ele foi novamente nomeado ditador, com um mandato de um ano. César então perseguiu Pompeu até o Egito, onde Pompeu foi logo assassinado. César então se envolveu numa guerra civil egípcia entre o faraó infantil e sua irmã, esposa e rainha co-regente, Cleópatra. Talvez como resultado do papel do faraó no assassinato de Pompeu, César tomou o partido de Cleópatra. É relatado que ele chorou ao ver a cabeça de Pompeu, que foi oferecida a ele pelo faraó como um presente. Em qualquer caso, César derrotou as forças do faraó em 47 AC e instalou Cleópatra como governante.
César e Cleópatra comemoraram sua vitória com uma procissão triunfante no Nilo na primavera de 47 a.C. A barcaça real foi acompanhada por 400 navios adicionais, apresentando César ao estilo de vida luxuoso dos faraós egípcios. César e Cleópatra nunca se casaram; a lei romana só reconheceu os casamentos entre dois cidadãos romanos. César continuou seu relacionamento com Cleópatra ao longo de seu último casamento, que durou 14 anos - aos olhos romanos, isto não constituiu adultério - e pode ter sido pai de um filho chamado Cesário. Cleópatra visitou Roma em mais de uma ocasião, permanecendo na vila de César, fora de Roma, do outro lado do rio Tibre.
Em 46 AC, César derrotou Catão e os remanescentes dos partidários de Pompeu na África. Ele foi então nomeado ditador por dez anos. Em dois anos ele fez numerosas mudanças na administração romana para melhorar a República. Muitas dessas mudanças foram feitas para melhorar a vida das pessoas comuns. Um exemplo, que durou, foi sua reforma do calendário para o formato atual, com um dia bissexto a cada quatro anos. Em fevereiro de 44 a.C., um mês antes de seu assassinato, ele foi nomeado Ditador vitalício.
Assassinato
No Ides de março (15 de março; ver calendário Romano) de 44 a.C., César deveria comparecer a uma sessão do Senado. Marcos Antônio, temendo o pior, foi para encabeçar César. Os conspiradores esperavam isso, e providenciaram para que alguém o interceptasse.
Segundo Eutropio, cerca de sessenta ou mais homens participaram do assassinato. Ele foi esfaqueado 23 vezes. Segundo Suetonius, um médico estabeleceu mais tarde que apenas um ferimento, o segundo no peito, tinha sido letal. As últimas palavras do ditador não são conhecidas com certeza, e são um assunto controverso entre estudiosos e historiadores. A versão mais conhecida no mundo de língua inglesa é a frase latina Et tu, Brute? ("Você também, Brutus?"). Em Júlio César de Shakespeare, esta é a primeira metade da linha: "Et tu, Brute? Então cai, César". Segundo Plutarco, após o assassinato, Brutus deu um passo adiante como se dissesse algo a seus colegas senadores; eles, no entanto, fugiram do edifício. Brutus e seus companheiros marcharam então para o Capitólio enquanto gritavam para sua amada cidade: "Povo de Roma, estamos mais uma vez livres". Eles foram recebidos em silêncio, pois os cidadãos de Roma haviam se trancado dentro de suas casas assim que o boato do que havia acontecido começou a se espalhar.
Uma estátua de cera de César foi erguida no fórum exibindo as 23 facadas. Uma multidão que se reuniu ali iniciou um incêndio, que danificou gravemente o fórum e os edifícios vizinhos. No caos que se seguiu, Marco Antônio, Octávio (depois Augusto César) e outros lutaram uma série de cinco guerras civis, que terminariam na formação do Império Romano.
O império romano e seus imperadores foram tão importantes na história que a palavra César foi usada como título em alguns países europeus para significar imperador, mesmo muito tempo depois do fim do império romano. Por exemplo, o imperador da Alemanha foi chamado de Kaiser até o ano 1919 d.C. e o imperador da Rússia foi chamado de Czar até 1917 d.C.