Os primeiros navios da URSS chegaram ao bloqueio em 25 de outubro e foram impedidos pela Marinha dos EUA de chegar a Cuba.
Nikita Khrushchev enviou uma carta a Kennedy em 26 de outubro. Os conselheiros de Kennedy disseram que a carta parecia ter sido escrita pelo próprio Khrushchev e não por seus escritores oficiais, que normalmente a escreveriam. Eles também disseram que ela parecia ter sido escrita por um homem que estava sob estresse. Em um artigo chamado "Quarenta anos depois de 13 dias", Robert McNamara citou parte da carta de Khrushchev:
| “ | Todos precisam de paz; tanto os capitalistas, se não perderam a razão, quanto os comunistas, ainda mais. A guerra é nossa inimiga e uma calamidade para todos os povos. Se de fato a guerra devesse irromper, então não estaria em nosso poder detê-la, pois tal é a lógica da guerra. Participei de duas guerras e sei que a guerra só termina quando ela percorre cidades e vilarejos, semeando morte e destruição em todos os lugares. Gostaria que vocês concordassem que não se pode ceder às pressões; é necessário controlá-las. Se as pessoas não mostrarem sabedoria, então, em última análise, elas entrarão em conflito, como toupeiras cegas, e então começará o extermínio recíproco. Se você não perdeu seu autocontrole, então Sr. Presidente, nós e você não devemos agora puxar o fim de uma corda na qual você deu o nó da guerra, porque quanto mais nós dois puxarmos, mais apertado será o nó. E pode chegar um momento em que esse nó será atado tão apertado que mesmo quem o atou não terá força para desatá-lo. E então será necessário cortar esse nó. E o que isso significará não é para mim explicar a você, porque você mesmo compreende perfeitamente quais são as terríveis forças que nossos países possuem. Não vamos apenas relaxar as forças que puxam a ponta da corda; vamos tomar meios para desatar o nó. Estamos prontos para isso. | ” |
| -Nikita Khrushchev |
Khrushchev estava dizendo que removeria os locais dos mísseis se o Presidente Kennedy prometesse não invadir Cuba. Uma invasão de Cuba faria Khrushchev parecer ruim e poderia também levar a uma guerra nuclear. Esta era a reação que Kennedy queria.
Logo no dia seguinte, uma segunda carta foi enviada da Rússia para Kennedy. Esta parecia mais oficial do que a primeira. Ela também dizia que os EUA deveriam retirar seus mísseis nucleares da Turquia se quisessem que a Rússia retirasse seus mísseis de Cuba. Isto teria sido um comércio justo porque os mísseis americanos na Turquia estavam suficientemente perto da Rússia para que pudessem alcançar a maioria das cidades importantes e Cuba estava suficientemente perto dos EUA para que os mísseis russos alcançassem a maioria das cidades importantes dos EUA. O problema para Kennedy era que ele não podia concordar publicamente em remover os mísseis americanos da Turquia porque a Turquia então não estaria protegida e não ficaria feliz.
Outro problema era que Kennedy e seus conselheiros não sabiam se Khrushchev ainda estava no poder. Eles pensavam que alguém no governo russo poderia ter derrubado Khrushchev. Eles achavam isso porque a segunda carta era muito diferente da primeira. Kennedy decidiu enviar uma mensagem secreta a Khrushchev dizendo que eles removeriam os mísseis da Turquia em poucos meses, contanto que não contassem ao público sobre isso. Kennedy então enviou uma carta oficial a Khrushchev concordando com as condições da primeira carta e não mencionando a segunda.
Khrushchev concordou com a mensagem secreta.
Em 1º de novembro, os locais de lançamento dos mísseis foram removidos, e os problemas terminaram.
Os objetivos de Khrushchev na crise tiveram vários resultados:
- Um país comunista estava mais próximo dos Estados Unidos. Cuba saiu da crise ainda um país comunista.
- Kennedy foi empurrado para a crise. No final, seu desejo de paz foi importante para acabar com a crise.
- Os locais de lançamento de mísseis na Turquia foram removidos, mas não da maneira que Khrushchev havia desejado.
Os Estados Unidos viam Kennedy como o herói que havia lutado contra o comunismo e vencido.