A Flórida é um estado biodiversificado, com 3.500 plantas vasculares nativas e 1.500 vertebrados, um número maior do que todos os outros estados, exceto três. Um estudo da Organização das Nações Unidas para Alimentação e Agricultura de 2003 declarou que o Estreito da Flórida tinha a maior biodiversidade do Oceano Atlântico, e era o lar de 25 espécies endêmicas.
Flora
A maré vermelha também tem sido um problema na costa sudoeste da Flórida. Embora tenha havido muita adivinhação sobre a causa do florescimento de algas tóxicas, não há evidências de que esteja sendo causada pela poluição ou que tenha havido um aumento no comprimento ou freqüência de surtos de marés vermelhas.
Pragas florais
A flora nativa é ameaçada por várias plantas invasoras, incluindo a pimenta do Brasil (Schinus terebinthifolius). Possuir e cultivar esta árvore é ilegal. Um grande número de voluntários cortam esses invasores, particularmente ao longo dos cursos d'água. O pinheiro australiano (Casuarina spp.) está sendo atacado ativamente.
Outras pragas estrangeiras incluem o besouro de ambrosia asiático (Xyleborus glabratus), que ameaça a indústria local de abacate e as árvores de redbay (Persea borbonia).
É ilegal importar caramujos terrestres gigantes africanos (achatina fulica). Estes ameaçam edifícios, 500 tipos de plantas locais, e carregam meningite.
Fauna
As espécies endêmicas na Flórida incluem o Florida Scrub Jay (Aphelocoma coerulescens), Miami blue (Cyclargus thomasi bethunebakeri), Okaloosa darter (Etheostoma okaloosae), e Key Deer (Odocoileus virginianus clavium).
A Flórida é um destino popular para a observação de aves, devido às muitas espécies que podem ser encontradas no estado em várias épocas do ano. A Florida Ornithological Society mantém a lista oficial do estado das aves da Flórida, que atualmente contém 498 espécies. Um estudo publicado em 2003 pela Florida Fish and Wildlife Conservation Commission documentou 196 espécies de aves que foram confirmadas para reprodução no estado, com mais 19 espécies listadas como possíveis ou prováveis reprodutores. A Great Florida Birding Trail, uma trilha de 2.000 milhas (3.200 km) de comprimento, é composta de 489 locais em todo o estado, que são excelentes locais de observação.
A pesca esportiva também é popular na Flórida; mais de 250 espécies diferentes de peixes (incluindo 73 espécies não nativas) podem ser encontradas na Flórida. Há mais de 1.000 espécies de peixes nas águas costeiras da Flórida.
Em 2010, a NOAA, citando a Lei Magnuson-Stevens, proibiu a pesca do pargo vermelho até que a população tenha tempo de se recuperar.
A costa atlântica da Flórida abriga os únicos recifes de coral extensos nos Estados Unidos continentais, e o terceiro maior do mundo. Todo o sistema de recifes na Florida Keys é parte do Florida Keys National Marine Sanctuary, e grandes partes do recife são protegidas como parte do Biscayne National Park.
Em 1977, o governo federal colocou os jacarés na lista de espécies ameaçadas de extinção. Eles foram retirados da lista de espécies ameaçadas em 1987 e a Flórida permitiu a caça seletiva em 1988.
Habitats de pássaros e tartarugas
Em 1987, o Condado de Brevard, Flórida, recebeu o último membro do Dusky Seaside Sparrow, agora extinto. Houve apenas duas espécies de aves extintas desde que a lista de espécies ameaçadas de extinção começou, em 1973. Este evento representou um desafio para garantir que outras preocupações ambientais sejam abordadas rapidamente.
O Florida Scrub Jay foi considerado ameaçado por muitos anos, porque a espécie é territorial e não pode se mover para terrenos melhores quando seu habitat está em perigo.
As praias de tartarugas marinhas de cabeça de tartaruga são protegidas.