Em seus últimos anos Janáček escreveu a maior parte das grandes obras pelas quais é mundialmente famoso. Sua ópera Jenůfa foi realizada em Praga. Isto o tornou famoso internacionalmente. Ele ficou muito orgulhoso quando seu país se tornou independente após a guerra. Ele também estava muito feliz porque estava apaixonado por Kamila Stösslová, que era 38 anos mais jovem que ele. Ele escreveu três de suas melhores óperas: Katya Kabanová, A Pequena Vixinha Astuta e O Caso dos Makropulos. Estas óperas foram realizadas em Brno e depois em Praga, e também foram publicadas. Ele escreveu dois quartetos de cordas e um sexteto de sopros: Mládi (Juventude). Aos 70 anos, ele já havia se aposentado da Escola de Órgãos de Brno. Em 1926 ele escreveu uma obra orquestral: Sinfonietta, seguida por um concerto para piano para a mão esquerda (pianista apenas tocando com a mão esquerda) e conjunto de câmara, e a Missa Glagolitic. Todas estas obras tiveram enorme sucesso tanto na Tchecoslováquia quanto no exterior, mesmo tão distante quanto Nova Iorque.
Em 1921 ele havia comprado uma casa de campo em sua cidade natal, Hukvaldy. Ele passou muito tempo compondo lá, longe da vida agitada em Brno. No verão de 1928, ele foi para lá e foi acompanhado, pela primeira vez em Hukvaldy, por Kamila, seu filho de 11 anos e seu marido. Ele estava trabalhando no terceiro ato de sua última ópera From the House of the Dead. Um dia, o filho de Kamila se perdeu na floresta. Eles passaram algum tempo procurando por ele. Janáček apanhou frio, pegou uma pneumonia e morreu. Seu funeral em Brno foi um grande evento público, no qual algumas músicas de sua ópera The Cunning Little Vixen foram apresentadas.