Os primeiros habitantes da área que conhecemos viviam no vale do rio Vltava por volta de 500 a.C. As tribos eslavas chegaram à Boêmia por volta do ano 500 a.C. Há uma lenda sobre como a cidade de Praga começou. A princesa Libués, líder de uma tribo eslava, escolheu uma simples camponesa Přemysl para ser seu marido. Ela lhe disse para ir procurar uma aldeia nas margens do Vltava e começar lá uma cidade. A cidade se tornou Praga, governada pela família Přemyslid.
Na segunda metade do século IX, as fortificações originais do castelo foram construídas. Durante o reinado de Wenceslas I (Václav em tcheco), no século X, a igreja de São Vito foi construída no castelo de Praga. Venceslau foi assassinado por seu irmão quando ele estava indo à igreja. Mais tarde ele foi transformado em santo. No início do século 11, a família Přemyslid também obteve o poder na Morávia. Vratislav II foi o primeiro monarca a ser chamado Rei da Boêmia.
Outro governante, também chamado Wenceslas I, governou como Rei da Boêmia a partir de 1230. Ele encorajou as artes. Muitos alemães vieram para viver em Praga. Em 1257 o rei Otakar II fundou a área de Praga chamada de Bairro Menor para os alemães viverem. O último dos reis Přemyslid foi o rei Venceslau III. Ele foi assassinado na Morávia.
Durante a Idade Média Praga tornou-se muito importante como a capital do Santo Império Romano governado por Carlos IV (1316-1378), que era o governante mais poderoso da Europa na época. Carlos fez de Praga uma grande cidade, construindo a Catedral de St Vitus, uma universidade e uma famosa ponte chamada Ponte Carlos, que ainda existe.
Depois de Carlos IV, houve muitas discussões e brigas em Praga. Um padre chamado Jan Hus disse que a Igreja Católica havia se tornado muito poderosa. Ele foi preso e queimado na fogueira em 1415. Muita gente concordou com o que Hus havia dito. Essas pessoas eram chamadas de hussitas. Eles jogaram um monte de católicos importantes pela janela (chamados de "defenestração"). Seguiram-se muitas outras lutas, e por muitos anos a Boêmia foi governada por reis que viviam em outros países.
A partir de 1526 a família dos Habsburgos governou a Boêmia. Eles eram católicos e governavam o Santo Império Romano. Em 1576 o Imperador Rudolph II mudou a capital de Viena para Praga. Praga tornou-se novamente uma cidade rica, e as pessoas eram livres para adorar como católicos ou protestantes. Depois de Rudolph II, houve muitas lutas religiosas e mais pessoas foram jogadas fora das janelas. Eventualmente os combates se tornaram parte da Guerra dos Trinta Anos. Quando Fernando II venceu os combates, muitos protestantes deixaram o país. Novas construções em Praga foram construídas no estilo barroco. A língua alemã, não tcheca, era falada na corte. Maria Theresa foi a única rainha a reinar sobre Praga. Um de seus 16 filhos foi Maria Antonieta, que se tornou rainha da França. Quando seu filho José II governou, as pessoas pararam de brigar por religião. O povo era livre para falar o que pensava, e não havia mais escravidão. Praga agora tinha três partes: a Cidade Velha, o Bairro Menor e a Cidade Nova. Pessoas famosas, como Wolfgang Amadeus Mozart, visitavam a cidade com freqüência.
No século XIX, a indústria veio para Praga. Foram construídas fábricas, foi construída uma ferrovia entre Praga e Viena. O movimento nacionalista tcheco tornou-se muito forte depois de 1848. Eles queriam usar sua própria língua ao invés do alemão. Os compositores Smetana e Dvořák escreveram músicas sobre seu país, muitas vezes usando músicas folclóricas tchecas. O Teatro Nacional foi inaugurado em 1881.
Em junho de 1914, o Arquiduque Franz Ferdinand, herdeiro do trono dos Habsburgos, foi assassinado. Isto levou à Primeira Guerra Mundial. Após a guerra, uma república independente chamada Tchecoslováquia foi formada com Praga como sua capital. A Boêmia, a Morávia e a Eslováquia fizeram parte dela. Em 1938, Hitler invadiu o país. Foi libertado pelas tropas soviéticas em maio de 1945. Entretanto, os comunistas logo tomaram o poder e o país foi governado por comunistas que tinham que obedecer à União Soviética. O primeiro ministro Alexander Dubček gradualmente tentou fazer reformas. Este período de tempo é chamado de "Primavera de Praga". Em 1968, a União Soviética enviou tanques para Praga, para a Praça Wenceslas, a fim de restaurar seu poder.
A democracia chegou gradualmente a Praga em 1989, quando aconteceu a Revolução de Veludo. Em 1993, a República Tcheca e a Eslováquia se dividiram em dois países. Hoje esses dois países fazem parte da UniãoEuropéia.