Em abril de 1861, eclodiu a Guerra Civil Americana. Carson deixou seu trabalho como agente indígena e entrou para o Exército da União. Ele foi nomeado tenente. Ele liderou a 1ª Infantaria Voluntária do Novo México. Ele treinou os novos homens. Em outubro de 1861, ele foi nomeado coronel. Os Voluntários combateram as forças confederadas em Valverde, Novo México, em fevereiro de 1862. Os Confederados venceram esta batalha, mas foram derrotados mais tarde.
Campanha contra os Apaches
Uma vez que os Confederados foram expulsos do Novo México, o comandante de Carson, Major James Henry Carleton, voltou sua atenção para os nativos americanos. O historiador Edwin Sabin escreve que este oficial tinha um "ódio psicopático aos Apaches". Carleton liderou suas forças no interior do território dos Apaches Mescalero. Os Mescaleros estavam cansados de lutar, e se colocavam sob a proteção de Carson. Carleton colocou estes Apaches em uma reserva remota e solitária ao leste, no rio Pecos.
Carson não gostava dos Apaches. Ele escreveu em um relatório que os Apaches Jicarilla "eram realmente os índios mais degradados e problemáticos que temos em nosso departamento ... testemunhá-los diariamente em um estado de intoxicação em nossa praça". Carson apoiava sem reservas os planos de Carleton. Ele estava cansado. Ele havia sofrido uma lesão dois anos antes que isso lhe causou grandes problemas. Ele renunciou ao Exército em fevereiro de 1863. Carleton recusou-se a aceitar a demissão porque queria que Carson liderasse uma campanha contra os Navajo.
Campanha contra os Navajos
Carleton havia escolhido um local sombrio no rio Pecos para sua reserva. Esta reserva se chamava Bosque Redondo (Round Grove). Ele escolheu este local para os Apaches e Navajos porque estava longe de ser um povoado branco. Ele também queria que estes Apaches e Navajo agissem como um amortecedor para quaisquer atos agressivos cometidos contra os assentamentos brancos de Kiowas e Comanches ao leste do Bosque Redondo. Ele também pensava que o afastamento e a desolação da reserva desencorajariam os assentamentos de brancos.
Os Apaches Mescalero caminharam 130 milhas até a reserva. Em março de 1863, quatrocentos Apaches tinham se estabelecido nas proximidades de Fort Sumner. Outros tinham fugido para o oeste para juntar-se a bandos de fugitivos Apaches. No meio do verão, muitas dessas pessoas estavam plantando plantações e fazendo outros trabalhos agrícolas.
No dia 7 de julho, Carson, com pouco coração para a ronda dos Navajo, iniciou a campanha contra a tribo. Suas ordens eram quase as mesmas que para o assalto Apache: ele deveria atirar em todos os homens no local, e levar as mulheres e crianças em cativeiro. Nenhum tratado de paz deveria ser feito até que todos os Navajo estivessem na reserva.
Carson procurou por toda parte o Navajo. Ele encontrou suas casas, campos, animais e pomares, mas os Navajo eram especialistas em desaparecer rapidamente e se esconder em suas vastas terras. O cerco foi uma grande frustração para Carson. Ele estava na casa dos 50 anos, cansado e doente. No outono de 1863, Carson começou a queimar as casas e campos dos Navajo, e remover seus animais da área. Os Navaho passariam fome se esta destruição continuasse. Cento e oitenta e oito Navajo se renderam. Eles foram enviados ao Bosque Redondo. A vida no Bosque havia se tornado sombria. Ocorreram assassinatos. Os Apaches e os Navajos lutaram. A água no Pecos continha minerais que causavam cólicas e dores de estômago às pessoas. Os residentes tinham que caminhar cerca de 12 milhas para encontrar lenha.
Canyon de Chelly
Carson queria fazer uma pausa de inverno da campanha. O Major Carleton recusou. Foi ordenado que o kit invadisse o Canyon de Chelly. Foi aqui que muitos Navajos haviam se refugiado. O historiador David Roberts escreve: "A invasão de Carson pelo Canyon de Chelly no inverno de 1863-1864 provaria ser a ação decisiva na Campanha".
O Canyon de Chelly era um lugar sagrado para os Navajo. Eles acreditavam que ele seria agora seu santuário mais forte. Trezentos Navajo se refugiaram na borda do cânion, em um lugar chamado Pedra da Fortaleza. Eles resistiram à invasão de Carson, construindo escadas de corda, pontes, baixando vasos de água em um riacho e mantendo-se fora da vista. Estes trezentos Navajo sobreviveram à invasão. Em janeiro de 1864, Carson varreu o Canyon de 35 milhas com suas forças. Ele derrubou os milhares de pessegueiros no Canyon. Poucos Navajo foram mortos ou capturados. A invasão de Carson, entretanto, provou aos Navajo que o homem branco poderia invadir seu país a qualquer momento. Muitos Navajo se renderam no Forte Canby.
Em março de 1864, havia 3.000 refúgios em Fort Canby. Outros 5.000 chegaram ao acampamento. Eles estavam sofrendo com o frio intenso e a fome. Carson pediu suprimentos para alimentá-los e vesti-los. Os milhares de Navajo foram levados ao Bosque Redondo. Muitos morreram ao longo do caminho. Os cegos na retaguarda foram baleados e mortos. Na história dos Navajo, esta caminhada horrível é conhecida como A Longa Caminhada. Em 1866, relatos indicavam que o Bosque Redondo era um fracasso completo. O Major Carleton foi demitido. O Congresso iniciou investigações. Em 1868, um tratado foi assinado, e os Navajo foram autorizados a retornar à sua terra natal. O Bosque Redondo foi fechado.
Primeira Batalha de Adobe Walls
Em 25 de novembro de 1864, Carson liderou suas forças contra as tribos do sudoeste na Primeira Batalha de Adobe Walls, no panhandle do Texas. Adobe Walls era um posto comercial abandonado, explodido por seus habitantes para impedir uma tomada de poder por parte de índios americanos hostis. Os combatentes na Primeira Batalha foram o Exército dos Estados Unidos e massas de Kiowas, Comanches e Apaches das Planícies. Foi um dos maiores combates travados nas Grandes Planícies. A Texas State Library and Archives Commission escreve: "O resultado de Adobe Walls foi uma derrota espiritual esmagadora para os índios. Também levou os militares dos EUA a tomar suas ações finais para esmagar os índios de uma vez por todas. Dentro de um ano, a longa guerra entre brancos e índios no Texas chegaria a sua conclusão".
A batalha foi o resultado da crença do General Carleton de que os nativos americanos eram os responsáveis pelos contínuos ataques aos colonos brancos ao longo da Trilha de Santa Fé. Ele queria punir esses ladrões e assassinos, e trouxe Carson para fazer o trabalho. Com a maioria do Exército envolvido em outros lugares durante a Guerra Civil Americana, a proteção que os colonos buscavam era quase inexistente. Eles estavam pedindo ajuda. Carson liderou 260 cavaleiros, 75 de infantaria e 72 batedores do Exército Apache Ute e Jicarilla. Além disso, ele tinha dois canhões howitzer de montanha.
Na manhã de 25 de novembro, Carson descobriu e atacou um vilarejo Kiowa de 176 alojamentos. Após a destruição, ele avançou para Adobe Walls. Carson encontrou outras aldeias comanches na região, e percebeu que enfrentaria uma força muito grande de índios americanos. Um Capitão Pettis estimou que 1.200 a 1.400 Comanches e Kiowa começaram a se reunir. O número subiria para possivelmente 3.000. Quatro a cinco horas de batalha se seguiram. Quando Carson ficou sem munição e com os projéteis howitzer, ele ordenou que seus homens se retirassem para uma aldeia próxima de Kiowa. Lá eles queimaram a aldeia e muitas túnicas de búfalos finos. Seus batedores nativos americanos mataram e mutilaram quatro Kiowas idosos e fracos. O retiro para o Novo México foi então iniciado. Houve poucas mortes entre os homens de Carson. O General Carleton escreveu a Carson: "Este brilhante caso acrescenta mais uma folha verde à coroa de louros que você tão nobremente ganhou a serviço de seu país". A batalha é considerada por alguns como o melhor momento de Carson, e é considerado um dos fatores que fizeram os Kiowas e Comanches processar pela paz em 1865.
"Joguem algumas conchas naquela multidão ali".
Kit Carson para oficial de artilharia Tenente Pettis
Alguns dos que estudaram a batalha acreditam que Carson estava correto ao ordenar a retirada de suas tropas. Apenas um escalpe Comanche foi relatado pelos soldados de Carson. A Primeira Batalha em Adobe Walls seria a última vez que os Comanches e Kiowa forçariam as tropas americanas a recuar da batalha. Adobe Walls marcou o início do fim das tribos das planícies e de seu modo de vida.
Uma década depois, a Segunda Batalha de Adobe Walls foi travada em 27 de junho de 1874, entre 250 e 700 comanches e um grupo de 28 caçadores que defendiam Adobe Walls. Após um cerco de quatro dias, as centenas de nativos americanos se retiraram. A Segunda Batalha levou à Guerra do Rio Vermelho de 1874-1875, uma guerra que resultou no deslocamento final dos índios das planícies do sul para reservas em Oklahoma.