Configuração
O jogo é ambientado no mesmo mundo fictício que o resto da série Halo. A maior parte do jogo acontece no futuro ano 2553, mais de 500 anos a partir de agora. No enredo, os humanos se desenvolveram mais rapidamente que as viagens leves, e agora vivem em muitos planetas e luas do Sistema Solar. Quando a humanidade começou a construir outro povoado em um planeta ao redor de outra estrela, eles encontraram o Convênio alienígena. O Convênio declarou guerra religiosa contra a humanidade. Durante Halo 2, o Pacto descobriu a Terra. No início de Halo 3, o Pacto está lançando uma invasão da Terra em larga escala.
O Halo do título dos jogos é o nome de uma série de super armas espaciais construídas por uma raça misteriosa chamada os precursores há muito tempo antes do jogo. Os Halo's são a última defesa contra outra raça alienígena conhecida como o Dilúvio. O Dilúvio quer usar todos os seres vivos da galáxia como alimento. Os Halos são na verdade super armas gigantes, que quando ativadas, matarão toda a vida na galáxia. Esta é a única maneira de deter o Dilúvio, para matá-los à fome, matando toda a sua comida. O Pacto não sabe disso e está tentando atirar Halos como parte de uma profecia religiosa errada. No primeiro jogo Halo, Halo: Combat Evolved, os humanos e o Chefe Mestre conseguem impedir o Covenant de disparar um dos Halos. Eles também destroem um deles no processo. A destruição de um dos Halos inicia uma emergência. Os Halos agora podem ser todos disparados de um só lugar, usando um dispositivo chamado Arca. O Pacto, ainda não entendendo a verdade, lança uma invasão da Terra, onde eles acreditam que a Arca está enterrada. É aqui que começa a história do Halo 3.
Personagens
O personagem principal do Halo 3 é o Mestre Chefe. Mestre Chefe é um super-soldado, o último membro sobrevivente do Projeto Espartano. O Projeto Espartano foi iniciado por humanos para geneticamente, usando genes, fazer soldados que eram mais fortes, mais rápidos e mais duros que qualquer humano normal. Outro personagem de Halo 1 e 2, controlado pelo segundo jogador em um jogo cooperativo, é Arbiter, o líder das Elites alienígenas. Em Halo 2 ele é um inimigo, mas em Halo 3 ele une forças com os humanos. Outros personagens que retornam incluem o veterano soldado humano Avery Johnson, a IA Cortana, o robô 343 Guilty Spark e o Gravemind, perigoso líder do Dilúvio.
Lote
O Halo 3 começa onde o Halo 2 parou. O jogador mais uma vez joga como Mestre Chefe ao cair em direção à Terra. Ele cai no Quênia, perto da cidade de Mombaça. Ele é encontrado por um esquadrão de fuzileiros navais liderado pelo sargento Avery Johnson, o comandante de Halo e Halo 2. O jogador e os fuzileiros navais lutam para invadir a força do Pacto para um posto avançado humano. Aqui eles encontram forças humanas fazendo uma última tentativa para impedir o Pacto de ativar um portal que encontraram enterrado no deserto queniano. No entanto, não tiveram sucesso e o Pacto abre o portal para a Arca, onde poderão disparar os Halos e destruir a galáxia. Logo depois que a frota de naves espaciais do Pacto deixa o portal, uma grande nave se choca com a cidade de Mombaça. Esta nave foi tomada pelo Dilúvio. O jogador como Chefe Mestre, deve lutar para entrar na nave arruinada e recuperar o robô Cortana que pode dizer-lhes o caminho para reabrir o portal e seguir o Pacto. Uma vez que o jogador seja bem sucedido, os humanos reabrem o portal e vão atrás do Pacto para impedi-los de atirar os Halos. Juntando-se a eles está 343 Guilty Spark, um dos robôs que ajudou a construir o Halo destruído desde o primeiro jogo. Uma vez através do portal, o jogador e seus aliados descobrem a enorme estrutura planetária conhecida como a Arca, de onde todos os Halos podem ser disparados. Liderado por 343 Guilty Spark, o jogador se dirige ao centro da Arca, onde o líder do Pacto, o Profeta da Verdade, está se preparando para atirar.
Assim como o jogador chega para deter o Profeta da Verdade, o navio infestado de inundação Alta Caridade, chega numa tentativa de assumir a Arca. O jogador, Arbiter e Johnson agora derrubam todo o Dilúvio na área antes de Arbiter matar o Profeta da Verdade e impedir que os Halos sejam demitidos. No entanto, não há tempo para o jogador descansar, pois agora ele deve dirigir-se ao reator nuclear no centro da nave espacial infestada pelo Dilúvio, Alta Caridade, num esforço para matar o Dilúvio. Uma vez que isto esteja completo, o jogador e o Arbiter devem ir e ativar um anel Halo. Isto destruirá a Arca e matará todo o Dilúvio nesta área da galáxia Via Láctea, ao mesmo tempo em que salvará o resto. O jogador e o Árbitro devem ir e ativar o único Halo e salvar a Galáxia. Quando chegarem 343, a Centelha Culpada os adverte que ativar esta Auréola destruirá a Arca inteira e a própria Auréola. O jogador ignora o aviso. Esta fagulha 343 Centelha Culpada. Ele mata Sergent Johnson, e tenta matar o Mestre Chefe para evitar que a "sua" Auréola seja destruída. Esta é na verdade a "batalha final do chefe" do jogo. O jogador derrota o robô, e ativa o Halo. Uma contagem regressiva começa, mas é tarde demais para o jogador como Mestre Chefe e a IA Cortana. Eles conseguem embarcar em uma nave espacial para levá-los embora, mas ela é apanhada na explosão e é dividida em duas. O Mestre-Chefe é assumido morto.
Se o jogador completar o jogo com alguma dificuldade, após os créditos você vê que o Chefe Mestre e Cortana sobreviveram. Se você terminar o jogo sobre a dificuldade "Lendária", você pode ver um final alternativo após os créditos.
