Os manuais
Um órgão muito pequeno pode ter apenas um manual (teclado). A maioria dos órgãos tem pelo menos dois. Em inglês e americanos, o manual inferior é o principal e é chamado de o Grande. O manual superior é chamado de Swell porque opera tubos que estão dentro de uma "caixa inchada" que tem persianas que podem ser abertas ou fechadas. Isto faz com que a música fique mais alta ou mais silenciosa (crescendo ou diminuendo). O organista opera a "caixa inchada" com um pedal que gira (rocha para dentro e para fora). Ela está no centro logo acima do quadro de pedais. Nos antigos órgãos ingleses, a caixa de inchaço é operada por uma alavanca na lateral. Isto é bastante difícil de usar. A maioria delas foi agora substituída por caixas de inchaço centrais.
Se houver um terceiro manual, ele é chamado de Coro nos países de língua inglesa. Originalmente, os ingleses os chamavam de "chair organs" porque eram um instrumento separado. O organista tinha que se virar e enfrentar a outra forma de tocá-lo. Pensa-se que a palavra "chair" (cadeira) mudou gradualmente para "choir" (coro) porque era freqüentemente usada para acompanhar o coral. Nos órgãos alemães, o terceiro manual era chamado de "Positiv". O nome "Rückpositiv" ("positivo nas costas") foi usado porque os tubos estavam atrás das costas do organista enquanto ele se sentava de frente para o órgão principal. Estes começaram a tornar-se populares novamente com os construtores de órgãos nos anos 50 quando se sentiu que o órgão Romântico não era adequado para música antiga, e alguns construtores de órgãos começaram a usar novamente os princípios barrocos para que a música de compositores como Bach pudesse soar como costumava soar. O manual do Coro é o mais próximo do tocador, o Grande está no meio e o Swell é o mais distante. O Coro ou Positiv muitas vezes contém paradas suaves que são adequadas para acompanhar o coral. Nos órgãos franceses a partir do final do século XIX, os três manuais estão dispostos de forma diferente: o Grande ("Grande Orgue") é o mais próximo do tocador, o "Positif" é o manual do meio e é como uma versão menor do Grande, e o Swell ("Recit") é o manual do topo. Isto facilita a construção da música pelo organista, ficando mais alto gradualmente, começando no topo e descendo gradualmente.
O quarto manual é chamado de Solo porque as paradas deste manual são usadas para tocar a melodia como um solo. Este manual está ainda mais distante do tocador do que o Swell. Os grandes órgãos da catedral geralmente têm quatro manuais. O Solo provavelmente terá uma parada muito alta realmente chamada "Tuba" ou "Tuba Mirabilis".
Se houver um quinto manual, ele pode ser chamado de Eco porque tem paradas muito silenciosas que ecoam. Alternativamente, especialmente em órgãos americanos, pode ser um Bombarde. O Bombarde normalmente contém paradas de palhetas audazes e barulhentas, incluindo paradas chamadas "Bombarde". Por exemplo: um Trompete de Estado ou Trompete Pontifício pode ser colocado neste manual que pode ser ouvido acima de todas as outras paradas tocando. O Bombarde é emprestado de órgãos franceses onde é uma parada padrão em quase todos os manuais e pedais. Ter um Manual de Bombarde é algo de luxo para um organista. Ele pode ser encontrado, por exemplo, no órgão da Abadia de Westminster.
É extremamente incomum ter mais de cinco manuais, mas na América existem alguns poucos órgãos muito grandes. O órgão Wanamaker na loja Macy's na Filadélfia tem seis manuais. O maior órgão do mundo está na Atlantic City Convention Hall. Tem sete manuais e mais de 33.000 tubos. No entanto, o maior órgão do mundo não funciona, pois seria muito caro para administrá-lo.
Usando os manuais
Ter dois ou três manuais torna possível ter mudanças rápidas de som durante uma peça. O jogador também pode tocar em dois manuais ao mesmo tempo: um com a mão esquerda e outro com a direita. Isto é particularmente útil para fazer uma melodia mais alta do que o acompanhamento (em um piano, isto pode ser feito pressionando com mais força). Os manuais também podem ser acoplados juntos, por exemplo, puxando a parada "Swell to Great" fará com que todos os sons do Swell saiam também no Great. Em um órgão com ação mecânica, as teclas do Swell serão vistas "tocando sozinhas" como uma pianola, mas em alguns órgãos mais antigos pode ser um trabalho duro para os dedos do organista quando os manuais são acoplados, pois isso torna a ação muito pesada.
Os pedais
As notas nos pedais estão dispostas como as notas em um teclado, mas obviamente são muito maiores. O jogador precisa aprender a tocar por 'sentir', caso contrário, ele terá que passar todo o tempo olhando para seus pés. Ele toca cada nota, seja com o dedo do pé ou com o calcanhar e seja na parte interna do pé ou na parte externa. O órgão padrão americano e britânico contém 30 notas que dão uma gama de quase 2 ½ oitavas (Dó a Fá, ou às vezes Dó a Sol: 32 notas). Elas não estão bem em linha reta, mas se espalham um pouco para facilitar o jogo (é chamado de "pedaleira radiante e côncava"). Em órgãos e órgãos alemães e franceses construídos antes de 1920, a pedaleira será reta sem qualquer curvatura do ventilador para ela. Muitos organistas acham que isto torna mais difícil de tocar. Os organistas precisam de um bom par de sapatos: os que têm bons calcanhares estreitos e de preferência pontiagudos. As solas precisam ser bastante escorregadias, mas não muito, para que o jogador possa deslizar o pé de um pedal para outro. Os organizadores geralmente gostam de manter um par de sapatos que são usados apenas para tocar o órgão, de modo que as solas não tenham grão ou sujeira da rua.
As paradas
As paradas em um console de órgão dão sons diferentes, como os instrumentos de uma orquestra, e têm nomes que dizem ao organista que tipo de som eles produzirão. Os batentes são normalmente à esquerda e à direita do organista e são puxados para fora ("drawtops" ou "puxa" porque são "puxados", ou seja, puxados). Alguns órgãos têm "batentes de abas" ou "batentes de balanço" que estão na frente do tocador e podem ser balançados para frente e para trás para ligar/desligar.
As paradas de um órgão podem ser divididas em famílias.
As paradas do refrão são as paradas da fundação, as básicas que são boas para a construção do grande e sólido som. Um diapasão ou principal é uma parada do refrão.
As paradas da flauta soam como flautas em uma orquestra. Elas são mais suaves que as diapasões e soam bem para música muito rápida e leve.
As palhetas são paradas como o oboé, clarinete, trompete, fagotto, trombone. Cada cano tem uma palheta dentro. Seu som é muito forte e nasal (como falar pelo nariz).
As cordas são paradas silenciosas que soam como instrumentos de corda. São batentes como o violone e a gamba.
Há outra maneira de agrupar as paradas. Cada parada terá um número por baixo do nome. O número pode ser 16, 8, 4, 4, 2, 1 ou mesmo 2 2/3 ou 1 3/5. Se o número for 8, isto se chama "parada de oito pés". Este é o tom normal: a nota soará como está escrita, por exemplo, ao tocar o Meio C, o som será o Meio C. Uma parada de 4 pés soará uma oitava mais alto que o escrito, uma parada de 2 pés será duas oitavas mais alto. Um batente de 16 pés soará uma oitava mais baixo que um batente de 8 pés. 8 pés é, portanto, o passo normal, e os outros são adicionados a ele para fazer um som maior e mais brilhante. Os 16 pés de parada são normais nas partes do pedal.
Paradas de mutação são paradas em que uma nota não soa um número inteiro de oitavas acima do tom normal. Exemplos são a Tierce 1 3/5 (que soa 2 oitavas e uma terceira acima) e a Nazard ou a Twelfth 2 2/3 (uma oitava e uma quinta).
Usando as paradas
Um organista precisa aprender quais combinações de paradas soam bem juntas e como equilibrá-las bem. Cada órgão é diferente e tem seu próprio caráter.
A combinação de paradas que um organista escolhe para uma determinada peça de música é chamada de "registro". A lista de todas as paradas que um órgão em particular possui é chamada de "especificação". A especificação de um órgão mostra os nomes dos batentes para cada um dos manuais e para os pedais, assim como a lista de acopladores.
Os órgãos também têm botões chamados "pistões" que ajudam a mudar o registro no meio de uma peça. Há "pistões de dedo do pé" operados pelos pés, e "pistões de polegar" que são colocados logo abaixo de cada manual para que possam ser empurrados pelo polegar enquanto os dedos continuam tocando. Órgãos grandes geralmente têm "pistões gerais" que mudam qualquer combinação de paradas através do órgão. Estes são frequentemente computadorizados para que os tocadores possam configurá-los de forma diferente, dependendo da música que vão tocar. Se vários tocadores usam regularmente o instrumento, cada um pode ter suas próprias configurações pessoais para os pistões, que podem bloquear para que ninguém mais possa mudá-los.
Os tubos
Cada parada controla uma fileira de tubos, chamada de "fileira". Cada fileira faz um som diferente (uma fileira para o som do "diapasão", outra fileira para a "flauta", outra para a "trombeta" e assim por diante). As paradas controlam o fluxo de ar através das fileiras. Algumas paradas podem controlar mais de uma fileira. Por exemplo, uma parada de mistura de três fileiras terá 182 tubos (3 fileiras de 61 tubos cada) e em alguns órgãos a Celeste é uma parada de 2 fileiras. Os tubos Celeste são afinados ligeiramente mais afiados do que o resto do órgão de modo que, quando tocados em conjunto com outra parada silenciosa como a Salicional, haverá uma pulsação agradável porque dois tubos estão ligeiramente desajustados um com o outro. Os tubos de órgão são normalmente feitos de metal ou madeira. Tubos de órgão de metal de alta qualidade geralmente contêm 75% de estanho ou mais, e o restante é de chumbo. Os Tubos são colocados em leiras dentro de uma "caixa de órgãos" em uma sala especial chamada Câmara de Órgãos. Um "windchest" é um dispositivo do tipo caixa que contém paletes que são abertas e fechadas para admitir ar em um cano para que ele soe. Os paletes são operados por fios e rolos de tração no caso de um instrumento rastreador, mas também podem ser operados por ação pneumática ou elétrica direta usando ímãs.
Há sempre ar sendo bombeado para dentro do órgão quando o órgão é ligado. Nos dias anteriores à eletricidade, alguém (um soprador de órgão) tinha que bombear o ar para dentro do aerogerador usando foles. Isto foi um trabalho duro. Órgãos grandes teriam precisado de mais de um soprador de órgão para fazer este trabalho.