O planeta Krypton enfrenta uma destruição iminente devido a um núcleo instável, e seu conselho governante está sob a ameaça do general rebelde Zod e seus seguidores. O cientista Jor-El e sua esposa Lara-El imprimem secretamente um codex genético nas células de seu filho recém-nascido Kal-El, e o lançam em uma nave espacial para a Terra para preservar a raça Kryptoniana. Após o assassinato de Zod Jor-El, ele e seus seguidores são banidos para a Zona Fantasma, mas conseguem escapar quando Krypton explode. O bebê Kal-El pousa na Terra em Smallville, Kansas, onde é descoberto pelo casal Jonathan e Martha Kent, que o chamam de Clark e o criam como filho adotivo.
A fisiologia Kryptoniana de Clark lhe proporciona habilidades sobre-humanas na Terra. O jovem Clark aprende gradualmente a aperfeiçoar as habilidades que inicialmente lhe causam confusão e desconforto. Jonathan revela a um adolescente Clark que ele é um alienígena e o aconselha a não utilizar seus poderes publicamente, temendo que a sociedade o rejeite. Após a morte de Jonathan, um Clark adulto passa os próximos anos vivendo um estilo de vida nômade, trabalhando em empregos diferentes sob nomes falsos para encobrir seus rastros e esconder sua identidade. Ele acaba descobrindo uma nave Kryptoniana com tecnologia que lhe permite comunicar-se com a consciência de Jor-El na forma de um holograma. Lois Lane, uma jornalista premiada com o Pulitzer do Daily Planet, também descobre a nave enquanto procura uma história, e é resgatada por Clark quando ela é ferida. O editor de Lois, Perry White, rejeita sua história de um salvador "sobre-humano", então ela rastreia Clark até Smallville com a intenção de escrever uma exposição. Depois de ouvir sua história, ela decide não revelar seu segredo.
Detectando a nave batedora, Zod viaja para a Terra onde exige que Kal-El se entregue a ele, ou a humanidade sofrerá as conseqüências. Clark concorda em se render ao exército dos EUA, que entrega Lois e Clark ao segundo no comando de Zod, Faora. Zod revela que pretende usar um "motor mundial" terraformador para transformar a Terra em um planeta parecido com Krypton, para erradicar a população humana e para usar o códice para repovoar o planeta com Kryptonianos geneticamente modificados. Depois que Clark e Lois escapam da nave, Clark derrota Faora e outro dos capangas de Zod em Smallville, convencendo os militares de que ele está do lado deles. Zod faz o motor mundial e inicia a terraformação em Metrópolis e sobre o Oceano Índico.
Clark, agora chamado de "Super-Homem", pára o motor mundial no Oceano Índico. Os militares usam a nave espacial que trouxe o Super-Homem à Terra em um ataque aéreo para criar um portal que devolve a nave de Zod e sua tripulação para a Zona Fantasma. Somente Zod permanece, e ele e o Super-Homem se engajam um no outro. Após uma batalha, o Super-Homem é forçado a matar Zod para salvar um grupo de civis inocentes que Zod tenta assassinar. O Super-Homem decide se misturar na sociedade usando óculos, sendo educado suavemente, e retomando sua identidade como Clark Kent. Ele é contratado por White para trabalhar como repórter para o Daily Planet.