Em uma mesquita, as pessoas devem manter o foco no culto a Alá. Por esta razão, existem várias regras sobre o comportamento correto em uma mesquita. Algumas dessas regras são as mesmas em todo o mundo, tais como não usar sapatos na sala de oração. Outras regras são diferentes de mesquita para mesquita.
Líder de orações
Geralmente é visto como bom ter alguém que lidera as orações, embora isso não seja estritamente necessário. A pessoa que normalmente lidera as orações é chamada de imã. Ele deve ser um homem livre e honesto. Ele também deve ser uma autoridade quando se trata de responder a perguntas sobre religião. Nas mesquitas que foram construídas ou que são mantidas pelo governo, o imã é selecionado pelo governante. Nas mesquitas privadas, a comunidade seleciona o imã, através do voto majoritário.
Somente homens podem liderar orações por homens. As mulheres podem liderar orações por congregações onde só há mulheres.
Assistir a uma mesquita
Além da lavagem, há outras regras que também se aplicam àqueles que entram na mesquita, mesmo que não queiram rezar lá. É proibido usar sapatos na área alcatifada da sala de oração. Algumas mesquitas também não permitem o uso de sapatos em outras partes, mesmo que estes não sejam dedicados a rezar.
O Islã exige que seus crentes usem roupas que mostrem modéstia. Como resultado, tanto homens quanto mulheres devem seguir esta regra quando freqüentam uma mesquita (embora nem sempre as mesquitas possam fazer cumprir as regras). Os homens devem vir à mesquita usando roupas soltas e limpas que não mostrem a forma do corpo. Da mesma forma, espera-se que as mulheres que vêm à mesquita usem roupas soltas, camisas, calças que cubram os pulsos e tornozelos e que cubram a cabeça, como por exemplo com um hijab. Muitos muçulmanos, independentemente de sua origem étnica, usam roupas do Oriente Médio associadas ao islamismo árabe em ocasiões especiais e orações nas mesquitas.
As mesquitas são lugares de culto. Por esta razão, aqueles que estão dentro da mesquita devem respeitar aqueles que estão orando. É proibido falar alto ou discutir tópicos que possam ser desrespeitosos, em áreas onde as pessoas estão orando. Também é considerado falta de educação caminhar diante dos muçulmanos em oração ou perturbá-los de outra forma.
Homens e mulheres rezam em diferentes partes
A lei islâmica exige que homens e mulheres sejam separados na sala de oração. Idealmente, as mulheres deveriam rezar atrás dos homens. O segundo califa Umar de uma vez impediu as mulheres de freqüentar mesquitas, especialmente à noite, porque ele temia que elas pudessem ser provocadas por homens, então ele as obrigou a rezar em casa. Às vezes, uma parte especial da mesquita era assaltada pelas mulheres; por exemplo, o governador de Meca, em 870, tinha cordas amarradas entre as colunas para fazer um lugar separado para as mulheres.
Muitas mesquitas hoje colocarão as mulheres atrás de uma barreira ou divisória ou em outra sala. Mesquitas no sul e sudeste da Ásia colocam homens e mulheres em salas separadas, já que as divisões foram construídas nelas há séculos. Em quase dois terços das mesquitas americanas, as mulheres rezam atrás de divisórias ou em áreas separadas, não no salão de oração principal; algumas mesquitas não admitem mulheres de forma alguma. Embora existam seções somente para mulheres e crianças, a Grande Mesquita em Meca é dessegregada.
Não-muçulmanos em mesquitas
Alguns estudiosos da lei islâmica acreditam que os não-muçulmanos podem ser autorizados a entrar nas mesquitas, desde que não durmam nem comam lá. Os seguidores da escola de jurisprudência islâmica de Maliki discordam. Eles dizem que os não-muçulmanos podem não ter permissão para entrar nas mesquitas.
Diferentes países têm opiniões diferentes sobre a questão. Quase todas as mesquitas da Península Arábica, assim como o Marrocos, não permitem a presença de não-muçulmanos. A Mesquita Hassan II em Casablanca é uma das duas únicas mesquitas no Marrocos atualmente abertas aos não-muçulmanos.
Na Arábia Saudita moderna, a Grande Mesquita e toda a Meca estão abertas apenas aos muçulmanos. Da mesma forma, o Masjid al-Nabawi e a cidade de Medina que o rodeia também estão fora dos limites para aqueles que não praticam o islamismo. Para mesquitas em outras áreas, tem sido mais comumente considerado que não-muçulmanos só podem entrar nas mesquitas se tiverem permissão para fazê-lo por muçulmanos e se tiverem uma razão adequada.
Na Turquia moderna os turistas não-muçulmanos podem entrar em qualquer mesquita, mas devem obedecer às regras do decoro. A visita a uma mesquita é permitida somente entre orações; os visitantes devem usar calças compridas e tirar os sapatos; as mulheres devem cobrir a cabeça; não é permitido tirar fotos; não é permitido falar em voz alta. Não são permitidas referências a outras religiões (sem cruzes nos colares, sem gestos de cruz, etc.).
Entretanto, há também muitos outros lugares no ocidente, bem como no mundo islâmico, onde os não-muçulmanos são bem-vindos para entrar nas mesquitas. A maioria das mesquitas nos Estados Unidos, por exemplo, informa receber visitantes não-muçulmanos todos os meses. Muitas mesquitas nos Estados Unidos acolhem não-muçulmanos como sinal de abertura para o resto da comunidade e para encorajar conversões ao Islã.
Cães
Os cães são geralmente proibidos de entrar nas mesquitas, mas em 24 de setembro de 2008, o Conselho de Direito Muçulmano do Reino Unido fez uma decisão especial, chamada fatwa, que concedeu a um muçulmano cego permissão para levar seu cão-guia para dentro da mesquita.